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标题: 请问如何获取TIP4P/ICE水的pdb与TIP4P/ICE冰的pdb [打印本页]

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 10:46
标题: 请问如何获取TIP4P/ICE水的pdb与TIP4P/ICE冰的pdb
本帖最后由 Anbling 于 2023-11-24 10:46 编辑

各位老师好，我想用Gromacs软件产生一个0.9%NaCl溶液冰水混合物的pdb文件，目前想让老师们帮忙看一下思路是否有正确，以及有几个问题：
1）我想要通过用packmol构建一个中间层为冰，上下层为溶液的模型。具体.inp文件如图所示，这个思路是否正确？钠离子和氯离子是否可以这样添加？
(, 下载次数 Times of downloads: 18) (, 下载次数 Times of downloads: 17)
2）上述tip4p/ice的水模型TIP4P_water.pdb从哪里获得？是否有现成文件？

3）上述tip4p/ice的冰模型TIP4P_ice.pdb从哪里获得？是否有现成文件？

关于（2）（3），我找了很久资料，只找到tip4p.itp或.gro文件，不知道是要做转换文件的操作，还是要从别的地方另外获得.pd
这是我第一次做分子动力学模拟，自己在网上找了许久没有找到合适的答案，有可能问题比较初级，请大家指教，谢谢！

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-11-24 14:04
给你个大概思路。
1.用python程序genice可以直接获取tip4p模型的冰的gro文件，通过--rep可以设置盒子尺寸（supercell大小）
2.做能量最小化，在1bar，200K下用tip4p/ice模型跑100ps NPT模拟
3.用VMD打开上一步生成的gro，给其中一半的分子改个resname，然后保存成pdb
例：[atomselect top "same residue as {name OW and x<10}"] set resname ICE #将x<10的水分子resname设为ICE
4.用gmx make_ndx 打开pdb文件，制作一个index文件
5.在mdp文件中使用freeze冻结ICE group，在400K下跑1ns NVT，将另一半冰融化
6.在mdp中关闭冻结，在273K下跑1ns NPT，平衡体系
7.用gmx insert-molecules往水中加入离子，相应地修改top文件
8.能量最小化，273K下进行NPT模拟，直至离子分布基本达到平衡状态

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 15:56

Lacrimosa 发表于 2023-11-24 14:04
给你个大概思路。
1.用python程序genice可以直接获取tip4p模型的冰的gro文件，通过--rep可以设置盒子尺寸 ...

感谢您的回答！还有个问题想问您。3中用VMD打开上一步生成的gro（冰的gro），为何又“将x<10的水分子resname设为ICE”？

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 15:56

Lacrimosa 发表于 2023-11-24 14:04
给你个大概思路。
1.用python程序genice可以直接获取tip4p模型的冰的gro文件，通过--rep可以设置盒子尺寸 ...

感谢您的回答！还有个问题想问您。3中用VMD打开上一步生成的gro（冰的gro），为何又“将x<10的水分子resname设为ICE”？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-11-24 16:37

Anbling 发表于 2023-11-24 15:56
感谢您的回答！还有个问题想问您。3中用VMD打开上一步生成的gro（冰的gro），为何又“将x

假设要做一个长20的冰水混合体系，一半冰一半水（x<10为冰，x>=10为水）。通过genice可以直接获得长20的冰，把其中一半融化后即可得到冰水混合体系。为了冻结一半的分子，融化另一半，就要先把准备冻结的分子编为一组（如#4中使用gmx make_ndx实现）。gmx make_ndx可以根据resname把原子进行分组，为此需要提前把resname设置好，这就是#3中做的事。

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 17:26

Lacrimosa 发表于 2023-11-24 16:37
假设要做一个长20的冰水混合体系，一半冰一半水（x=10为水）。通过genice可以直接获得长20的冰，把其中一 ...

嗯嗯明白了，谢谢您！

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 22:36

Lacrimosa 发表于 2023-11-24 14:04
给你个大概思路。
1.用python程序genice可以直接获取tip4p模型的冰的gro文件，通过--rep可以设置盒子尺寸 ...

您好，请问对于这个思路有没有更详细的类似的教程可以参考呢？我第一次做这个，有点难以实现。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-25 04:44
所有四点水模型的单分子结构文件都可以用gromacs自带的top目录下的tip4p.gro对应的水盒子中抠一个水分子得到。之后multiwfn、gmx editconf、VMD都可以将gro转成pdb。

packmol没法直接产生冰的结构，必须用文献里冰的结构，或者genice（好处是尺寸可以自定义）。

有什么问题必须具体问，别人不可能有时间精力专门给你写好几百字的教程。2L说的这些步骤都是属于做动力学的常规操作，如果这些大部分都不理解的话，说明过于缺乏基础知识，应当完整学一遍：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-11-25 10:20

Anbling 发表于 2023-11-24 22:36
您好，请问对于这个思路有没有更详细的类似的教程可以参考呢？我第一次做这个，有点难以实现。

如Sob老师所说，我写的步骤已经是分子动力学的常规操作了。如果不能理解，最好从基础学起，不然即使你对着操作视频重复一遍也未必能有所收获。

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-25 11:58

Lacrimosa 发表于 2023-11-25 10:20
如Sob老师所说，我写的步骤已经是分子动力学的常规操作了。如果不能理解，最好从基础学起，不然即使你对 ...

好的，谢谢您！

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-25 11:59

sobereva 发表于 2023-11-25 04:44
所有四点水模型的单分子结构文件都可以用gromacs自带的top目录下的tip4p.gro对应的水盒子中抠一个水分子得 ...

好的，谢谢Sob老师，我会认真考虑的

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