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标题: 求助，粗粒化模拟的轨迹看起来奇怪 [打印本页]

作者
Author: bdx 时间: 2023-11-24 14:26
标题: 求助，粗粒化模拟的轨迹看起来奇怪
刚接触粗粒化，跑了一个50ns的纯蛋白+水的粗粒化模拟，轨迹看起来很怪，开始没多久（1ns左右）体系就变得非常“稳定”，所有粒子都只在很近的距离内震荡
麻烦各位大神帮忙看看是怎么回事，我把轨迹的录像（前几秒，后面都是稳定的状态）和过程的笔记都传上来了
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作者
Author: bdx 时间: 2023-11-24 17:57
搜了一圈，这个现象就是下面提到的“结冰”吗
http://www.cgmartini.nl/index.php/faq
打算换极性水模型再试试

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-25 05:03

bdx 发表于 2023-11-24 17:57
搜了一圈，这个现象就是下面提到的“结冰”吗
http://www.cgmartini.nl/index.php/faq
打算换极性水模型 ...

是

作者
Author: zdworld 时间: 2023-11-26 01:34
试试martini3？已经解决了水珠子结冰的问题

作者
Author: bdx 时间: 2023-11-26 09:40

sobereva 发表于 2023-11-25 05:03
是

好的，谢谢老师

作者
Author: bdx 时间: 2023-11-26 09:41

zdworld 发表于 2023-11-26 01:34
试试martini3？已经解决了水珠子结冰的问题

一开始是想用3的，但是有的报错一时解决不了，然后领导又在屁股后面催着要结果，只能还是用2了

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