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标题: 关于轨迹文件中原子序号的问题 [打印本页]

作者
Author: GNMRZ 时间: 2023-11-24 17:10
标题: 关于轨迹文件中原子序号的问题
我想请问一下，用vmd显示的原子序号和用gromacs软件模拟时候用的拓扑文件中的原子序号一样吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-25 04:59
VMD里原子序号有index和serial两种，前者从0开始记，后者从1开始记
拓扑文件里[moleculetype]中牵扯的原子序号是对于分子内而言的，不是全局序号，没有可比性。gro/pdb/轨迹文件里的序号才和VMD的serial一致

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