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标题: 求助windows系统下用Parmed将GROMACS拓扑文件转换为Amber拓扑文件时报ValueError [打印本页]

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Author: Zonglinle 时间: 2023-11-24 17:27
标题: 求助windows系统下用Parmed将GROMACS拓扑文件转换为Amber拓扑文件时报ValueError
我用Gromacs蛋白-配体模拟结束后的topol.top文件和复合物complex.gro，在windows系统下用python >>> Parmed，输入指令>>> gmx_top = pmd.load_file('topol.top', xyz='complex.gro')时报错，如图： (, 下载次数 Times of downloads: 10)
其中complex.gro是用如下语句生成gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh蛋白protein.gro之后，将配体的gro文件中数据复制进去并修改为二者加和后改的名字；topol文件最后也加上了配体信息。因为可以正常运行100 ns的MD模拟，所以这两个文件应该没有问题。
我的蛋白不到300氨基酸，用的立场是AMBER03。因为蛋白是用AlphaFold2预测的，在complex.gro文件中可以看到有很多氢，比如1号甲硫氨酸有H123、HE123等。我不知道是否是因为这个原因出现上述报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-25 05:02
AMBER03严重过时了，这年头用这个很难发文章
最起码用AMBER14SB，GROMACS官网上有GROMACS的力场包。就算死活非要用GROMACS直接自带的，那也应该是AMBER99SB-ILDN

作者
Author: Zonglinle 时间: 2023-11-25 18:51

sobereva 发表于 2023-11-25 05:02
AMBER03严重过时了，这年头用这个很难发文章
最起码用AMBER14SB，GROMACS官网上有GROMACS的力场包。就算死 ...

明白了sob大大，我重跑一个

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