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标题: gmx_MMPBSA 计算膜蛋白与配体结合自由能，如何理解膜的设置 [打印本页]

作者
Author: shifan 时间: 2023-11-24 20:03
标题: gmx_MMPBSA 计算膜蛋白与配体结合自由能，如何理解膜的设置
跑完MD后，用Home - gmx_MMPBSA Documentation (valdes-tresanco-ms.github.io) 计算膜蛋白与配体的结合自由能，但是我对于膜的设置一直有疑问，
下图是官网的膜的示意图：
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
我自己的参数：
memopt=1, emem=7.0, indi=4.0,
mctrdz=0, mthick=40,
indi 是蛋白内部的介电常数, 如果配体上方都是水分子（结合在蛋白口袋比较浅的位置），但是我设置的膜覆盖了配体上方的区域，
那么计算结合自由能的时候，程序是把 膜覆盖区域的介电常数都当做是膜的介电常数吗（即emem=7）？
还是说程序特别的智能，能检测到蛋白空腔的区域，而配体在蛋白空腔内，配体周围的介电常数还是按照 indi =4 计算？
另外还有个问题，膜的中心值（即 mctrdz），是如何确定的？我需要提取蛋白的三维坐标吗？

作者
Author: Pipi_ 时间: 2025-12-5 17:54
博主在运行的时候有遇到这种报错吗？
TypeError: Cannot instantiate an AmberParm from unknown functional

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