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标题: gmx_MMPBSA能量分解的各项能量如何对应蛋白配体相互作用 [打印本页]

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Author: shifan 时间: 2023-11-24 20:15
标题: gmx_MMPBSA能量分解的各项能量如何对应蛋白配体相互作用
MD后，通过能量分解计算蛋白残基对配体结合的贡献，蛋白与配体常见的作用包括疏水作用，π-π interaction，cation-π interaction, hydrogen bond 等等，
下图是各项能量分解项：

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想知道这里的静电能包含什么相互作用（离子-偶极、偶极-偶极、盐桥？），范德华能（取向力、色散、诱导？）
例如：两个疏水氨基酸（异亮氨酸和缬氨酸）之间是不是既有静电能（偶极-偶极），也有范德华能？

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