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标题: 如何解决原始晶胞中的分子提交到ATB网站生成itp文件时，键连错误 [打印本页]

作者
Author: shiguang123 时间: 2023-11-25 11:44
标题: 如何解决原始晶胞中的分子提交到ATB网站生成itp文件时，键连错误
本人从晶体数据库中下载一个原始晶胞的结构，将原始晶胞中的一个分子在Material Studio中复制后导出为pdd文件后，提交到ATB网站生成itp文件时，分子键连错误，显示错误原因为：A hydrogen atom contains too many (2) bonds: H12。第一张图片为Material Studio中的分子结构，第二张图片为提交到ATB网站时显示的分子键连关系。因为后续会使用原始晶胞构建纳米球，自己画的分子结构可能与原始晶胞中的结构不同。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 02:34
那叫pdb。怀疑拼多多用多了

gview或VMD或Multiwfn打开pdb文件，肉眼检查结构没问题再提交到ATB上

也建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF的拓扑文件（本身当前体系的模拟也没有非要用GROMOS96力场的理由），并用gview保存的mol2作为输入文件，mol2里记录的连接关系和产生拓扑文件用的连接关系会100%一致

作者
Author: shiguang123 时间: 2023-11-28 11:08

sobereva 发表于 2023-11-26 02:34
那叫pdb。怀疑拼多多用多了

gview或VMD或Multiwfn打开pdb文件，肉眼检查结构没问题再提交到ATB上

好的，谢谢老师

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