计算化学公社

标题: 周期性弱相互作用的图，下方有一个绿色的范德华等值面是什么情况？ [打印本页]

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-11-25 16:10
标题: 周期性弱相互作用的图，下方有一个绿色的范德华等值面是什么情况？
本帖最后由 Elden、Lord 于 2023-12-1 12:54 编辑

各位大佬，我用multiwfn和cp2k进行弱相互作用分析，做出的图在vmd中打开，下方有一个绿色的范德华等值面，这个是什么情况，可以去掉他吗？

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-11-25 16:11
就是这样的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 02:42

Elden、Lord 发表于 2023-11-25 16:11
就是这样的

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 02:45
不要用“周期性弱相互作用的图”来描述，Multiwfn对周期性支持的图形化考察弱相互作用方法不止一种，必须说清楚方法，仔细看
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

首先确保用的是Multiwfn最新版本，molden文件里正确加入了[Cell]信息。如果能确保，压缩molden文件上传到网盘并提供下载链接，产生molden文件的CP2K输入文件一并提供。

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-12-1 12:57

sobereva 发表于 2023-11-26 02:45
不要用“周期性弱相互作用的图”来描述，Multiwfn对周期性支持的图形化考察弱相互作用方法不止一种，必须说 ...

感谢sob老师回复，文件已经添加了。
另外我是参考您发的这篇博客做的。
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 http://sobereva.com/588

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 12:13
没看到你的输出文件，没法判断SCF收敛情况。波函数质量太差可能会导致那种情况

对你的结构我用PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH结合XY二维周期性，molden文件和输入输出文件都在附件里，用Multiwfn+VMD得到的RDG图完全正常
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

另外，这个体系用IRI或IGMH明显更合适

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-12-5 20:48

sobereva 发表于 2023-12-2 12:13
没看到你的输出文件，没法判断SCF收敛情况。波函数质量太差可能会导致那种情况

对你的结构我用PBE/DZVP- ...

好的，感谢sob老师，我这里可能用的波函数不合适。我再试一试，十分感谢您。

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-12-7 15:10

sobereva 发表于 2023-12-2 12:13
没看到你的输出文件，没法判断SCF收敛情况。波函数质量太差可能会导致那种情况

对你的结构我用PBE/DZVP- ...

sob老师，我根据您发的帖子，重新使用IGMH分析了弱相互作用，请问这样是正确的吗？这是Isovalue为0.004时的图，并且附件为输入输出和.molden文件。
我在选择片段之时，选择了3，将吸附的CO分子为一个片段，Co，N，O 五个分子为一个片段，剩下的基底为一个片段，不知道我这样是否正确。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-7 15:53

Elden、Lord 发表于 2023-12-7 15:10
sob老师，我根据您发的帖子，重新使用IGMH分析了弱相互作用，请问这样是正确的吗？这是Isovalue为0.004时 ...

看起来是IGM而非IGMH

哪来的5个分子

输出文件内容混乱，一团糟，根本没法判断计算情况

怎么设片段取决于你想研究什么。这图丑死了

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-12-8 09:39

sobereva 发表于 2023-12-7 15:53
看起来是IGM而非IGMH

哪来的5个分子

是使用的multiwfn里的
11.IGM analysis based on Hirshfeld partition of molecular density (IGMH) (JCC, 43, 539) 选项

应该是5个原子Co,N,N,O,O

是想要研究N,O对吸附CO的弱相互作用。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-8 10:50

Elden、Lord 发表于 2023-12-8 09:39
是使用的multiwfn里的
11.IGM analysis based on Hirshfeld partition of molecular density (IGMH) (J ...

明显定义两个片段就够了，CO一个，其它部分一个

我作的IGMH图和你的明显不一样

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-12-8 13:08

sobereva 发表于 2023-12-8 10:50
明显定义两个片段就够了，CO一个，其它部分一个

我作的IGMH图和你的明显不一样

老师，我用的步骤是这样的，是哪里出错了吗？

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2023-12-8 13:25

sobereva 发表于 2023-12-8 10:50
明显定义两个片段就够了，CO一个，其它部分一个

我作的IGMH图和你的明显不一样

只选两个片段就是这样的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-8 18:22

Elden、Lord 发表于 2023-12-8 13:25
只选两个片段就是这样的

没明显问题
等值面数值取得太小，导致等值面过于膨胀

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