计算化学公社

标题: 如何快速、准确的套用resp2电荷到嵌段共聚物的拓扑文件中？ [打印本页]

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Author: liu840397562 时间: 2023-11-25 18:57
标题: 如何快速、准确的套用resp2电荷到嵌段共聚物的拓扑文件中？
老师同学们好，最近在使用sobtop和multiwfn构建嵌段共聚物的拓扑文件时候遇到这样的问题：目前为了使用Resp2电荷用于gromacs动力学模拟，使用multiwfn计算了各个片段的resp2电荷，但是在导入力场itp文件过程中极为麻烦，同时感觉很容易出错。因为我的体系是好几个嵌段的共聚物，因此会有多个片段的Resp2电荷导入过程，这时候片段中的原子编号容易与整个聚合物链对应的地方不一致，这时候就需要手动对比，一个个填入。这样的过程无疑很麻烦且容易出错，尝试手动导入了一段时间发现效率太低，1200+个原子看的眼睛受不了。不知道大家有无好办法？或者有无让这样过程的原子编号保持不变的方法？
在使用sobtop建立聚合物的itp以后，如何分配RESP电荷到每个原子 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)这篇帖子中看到了相关讨论，但是貌似也不是很清楚如何去做？求同学老师们赐教！

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-26 00:46
方法1：可以用AuToFF的聚合物模块搭建你需要的聚合度的嵌段聚合物模型，直接用程序内置的GNN- RESP电荷，这个是基于RESP2电荷的数据集训练的机器学习预测模型，理论上精度差不多和RESP2电荷一致。
方法2：如果你一定要自己手动计算RESP2电荷，可以用相同的方法生成聚合度为3的模型，这个的单体原子顺序和之前搭建的聚合物模型是保持一致的，可以直接用于RESP2电荷的计算，然后手动将参数迁移到聚合物的拓扑文件中。

作者
Author: zdworld 时间: 2023-11-26 01:07
试试ztop，最好用的amber系拓扑工具了大概。

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-26 02:38

slxc920113 发表于 2023-11-26 00:46
方法1：可以用AuToFF的聚合物模块搭建你需要的聚合度的嵌段聚合物模型，直接用程序内置的GNN- RESP电荷，这 ...

十分感谢您的帮助解答，关于方法二中说的，我是在MS中分别生成6种单体的嵌段共聚物和每种单体的重复单元，但是就是在这个过程没法保持原子顺序的完全一致，这其中有什么技巧吗？

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-26 02:38

zdworld 发表于 2023-11-26 01:07
试试ztop，最好用的amber系拓扑工具了大概。

感谢您的建议，请问ztop可以方便生成resp电荷和resp2电荷吗？我用GAFF力场应该可以和amber互动嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 02:52
基于sobtop产生的诸如三个重复单元的模型体系得到rtp文件，以及用Multiwfn算出来RESP2(0.5)电荷，自己写各个残基的rtp文件的定义，直接指定各个名字的原子对应的原子电荷，最后用pdb2gmx产生聚合物的拓扑文件。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-26 07:49

liu840397562 发表于 2023-11-26 02:38
十分感谢您的帮助解答，关于方法二中说的，我是在MS中分别生成6种单体的嵌段共聚物和每种单体的重复单元 ...

假如说你的链是AAAAA AA 序列，那么首位的两个单体分别是少了尾巴的H和头部的H，中间的单体是少了两个H的，你创建一个AAA的片段用于计算RESP2电荷，限制中间单体的电荷为0，然后把得到的三个单体的电荷参数分别迁移到原来聚合物的第一个，第2到第N-1个，第N个单体。

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-26 15:37

sobereva 发表于 2023-11-26 02:52
基于sobtop产生的诸如三个重复单元的模型体系得到rtp文件，以及用Multiwfn算出来RESP2(0.5)电荷，自己写各 ...

谢谢sob老师，我尝试这样做做

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-26 15:37

slxc920113 发表于 2023-11-26 07:49
假如说你的链是AAAAA AA 序列，那么首位的两个单体分别是少了尾巴的H和头部的H，中间的单体是少了两个H的 ...

谢谢您的回复，我尝试这样做做

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