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标题: 同样的.gro输入文件在VMD中为何显示不同？ [打印本页]

作者
Author: 一昔a 时间: 2023-11-26 15:47
标题: 同样的.gro输入文件在VMD中为何显示不同？
本帖最后由一昔a 于 2023-11-26 15:50 编辑

最近在自学gromacs，随便写了一个结构文件来做能量极小化，问题在这里，我创建的test.gro文件，在拖入window系统下VMD显示是这样的，分子结构能很清晰的表现出来。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
我在Linux中跑完任务后，把文件通过xshell拷贝出来为test (3).gro，test (3).trr，然后我把test (3).gro拖入VMD中显示确实这样，一片黑，看不到分子结构。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
我打开test.gro和test (3).gro文件，内容均是一致，放的文件目录也是一致，但是在VMD中显示却区别如此大，请问大家这是什么错误导致的，明明两个文件内容一模一样？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 20:07
明显计算存在硬伤，都已经变成了离谱的结构。怎么变的自行观看轨迹动画了解。完全不理解你怎么看出来 “内容均是一致” ，明摆着两个gro文件里的坐标天差地别

作者
Author: 一昔a 时间: 2023-11-26 21:05

sobereva 发表于 2023-11-26 20:07
明显计算存在硬伤，都已经变成了离谱的结构。怎么变的自行观看轨迹动画了解。完全不理解你怎么看出来 “内 ...

感谢老师，我没注意坐标发生变化了...我把.gro文件传到Ubuntu后，计算会返回优化后的.gro文件呀，我还以为计算结果只储存在.trr里面，.gro文件和原来的一样呢...

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