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标题: 完成蛋白-蛋白分子动力学模拟提前需要做什么呢 [打印本页]

作者
Author: zlh 时间: 2023-11-26 18:18
标题: 完成蛋白-蛋白分子动力学模拟提前需要做什么呢
蛋白-蛋白分子动力学模拟之前，怎么将两个蛋白放在一起（单纯利用pymol将两个蛋白放在一起可以吗），进行蛋白-蛋白分子动力学之前还需要做那些准备呢，感谢老师们。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 19:52
这取决于你想研究什么
诸如你想研究两个蛋白质从分离状态自发接近的过程，你可以用VMD手动摆蛋白质的位置，也可以用诸如gmx insert-molecules随机插入两个蛋白。
若是你想研究蛋白质复合物，可以用haddock、hexdock等支持生物大分子之间对接的程序产生初始结构，然后加水、跑的动力学

作者
Author: zlh 时间: 2023-11-27 10:24
好的，谢谢老师

作者
Author: 光下澈 时间: 2024-6-3 18:16
本帖最后由光下澈于 2024-6-3 18:17 编辑

请问一下，可以直接对PDB库中已经有的蛋白-蛋白晶体结构进行模拟吗？请问和普通的蛋白的模拟有什么区别吗？

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