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标题: Gromacs跑MD小分子跑出盒子 [打印本页]

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-27 12:21
标题: Gromacs跑MD小分子跑出盒子
本帖最后由七尺贱于 2023-11-27 12:24 编辑

各位老师好，我在气液界面真空区上方放置了一个小分子，想看小分子能否自发进入液相，初始位置如图1所示。
这个小分子会向上运动离开盒子，然后从下方进入液相，图1→图2→图3→图4.
想问下各位老师这种情况正常吗，为什么会出现这种情况

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-27 12:25
@Lacrimosa 求助大佬

作者
Author: snljty2 时间: 2023-11-27 16:57
因为你模拟设置了Periodic Boundary Condition，再正常不过。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-27 21:15

snljty2 发表于 2023-11-27 16:57
因为你模拟设置了Periodic Boundary Condition，再正常不过。

是正常的吗，那就行，谢谢您的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-28 03:50
做动力学模拟要对背景知识有点最基本的了解

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt： (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-28 09:29

sobereva 发表于 2023-11-28 03:50
做动力学模拟要对背景知识有点最基本的了解

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsc ...

谢谢老师

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