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标题: 求助MD结果分析所得配体与其初始结构的RMSD过大问题 [打印本页]

作者
Author: ccyyxx 时间: 2023-11-27 16:10
标题: 求助MD结果分析所得配体与其初始结构的RMSD过大问题
各位老师好：
   利用amber14sb.ff力场，multiwfn计算RESP2电荷，并在gromacs进行蛋白配体复合物MD，进行能量最小化、10ns限制性动力学及100ns正式动力模拟后，并处理周期性边界（-pbc mol -ur compact -center）。
   使用VMD所显示配体的位置和波动情况：
   (, 下载次数 Times of downloads: 11)
   对backbone进行最小二乘拟合，分别计算蛋白、配体与其初始结构之间的RMSD：
   (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 11)
   其中，蛋白在30ns时的RMSD趋于收敛；配体的RMSD接近72.5A，且似乎也已收敛。查阅文献中配体RMSD多居于1-4A之间。学生刚接触动力学模拟，理解太浅薄，想请教各位老师，我的配体RMSD异常地高，位置波动较大，是否说明模拟过程存在不合理，继续延长模拟时间是否有意义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-28 03:15
从配体结构叠加图来看没什么不合理的

弄清楚文献里算配体的RMSD是怎么算的，是先对配体做align然后算配体的RMSD，还是先对backbone做align然后算配体的RMSD。不同情况没有可比性。另外，弄清楚计算方式是否有误，通常用第一帧作为参考帧计算RMSD，但从配体的RMSD曲线图上看似乎第一帧RMSD不是0，明显有问题。

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