计算化学公社

标题: gmx 如何显式的指定范德华半径？ [打印本页]
作者
Author: zdworld    时间: 2023-11-27 18:21
标题: gmx 如何显式的指定范德华半径？
本帖最后由 zdworld 于 2023-11-27 20:49 编辑

在对Martini3粗粒化轨迹进行溶剂可及表面积计算时出现报错：
  1. Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
  2.          based on residue and atom names, since they could not be
  3.          definitively assigned from the information in your input
  4.          files. These guessed numbers might deviate from the mass
  5.          and radius of the atom type. Please check the output
  6.          files if necessary. Note, that this functionality may
  7.          be removed in a future GROMACS version. Please, consider
  8.          using another file format for your input.
复制代码
martini3拓扑中缺少范德华半径信息，gmx sasa也没有读取范德华半径的命令，这个怎么处理比较合适？


作者
Author: zdworld    时间: 2023-11-27 20:55
已解决：
在官网的文档里有提示：
Tips and tricks
Database files
The share/top directory of a GROMACS installation contains numerous plain-text helper files with the .dat file extension. Some of the command-line tools (see Command-line reference) refer to these, and each tool documents which files it uses, and how they are used.

If you need to modify these files (e.g. to introduce new atom types with VDW radii into vdwradii.dat), you can copy the file from your installation directory into your working directory, and the GROMACS tools will automatically load the copy from your working directory rather than the standard one. To suppress all the standard definitions, use an empty file in the working directory.
作者
Author: 恐龙    时间: 2024-2-20 09:45
zdworld 发表于 2023-11-27 20:55
已解决：
在官网的文档里有提示：

您好，可以详细说一下怎么解决的吗
作者
Author: zdworld    时间: 2024-2-20 10:45
恐龙 发表于 2024-2-20 09:45
您好，可以详细说一下怎么解决的吗

就像官网说的，在工作路径下写一个vdwradii.dat文件就可以了
作者
Author: 恐龙    时间: 2024-2-20 15:31
zdworld 发表于 2024-2-20 10:45
就像官网说的，在工作路径下写一个vdwradii.dat文件就可以了

好的谢谢
作者
Author: amdno    时间: 2024-5-16 16:07
恐龙 发表于 2024-2-20 15:31
好的谢谢

你好，我在工作文件夹中添加了vdwradi.dat，所有的原子都被包含，还是有这样的warning，应该怎么做呢
作者
Author: amdno    时间: 2024-5-16 16:37
zdworld 发表于 2024-2-20 10:45
就像官网说的，在工作路径下写一个vdwradii.dat文件就可以了

你好，我在工作文件夹中添加了vdwradi.dat，所有的原子都被包含，还是有这样的warning，应该怎么做呢，能给一些关于vdwradi.dat文件里面的信息吗
作者
Author: amdno    时间: 2024-5-16 16:41
zdworld 发表于 2024-2-20 10:45
就像官网说的，在工作路径下写一个vdwradii.dat文件就可以了

我是直接将share/top里面的vdwradii.dat复制到工作文件夹了，这样还是有这个warning
作者
Author: zdworld    时间: 2024-6-4 15:42
amdno 发表于 2024-5-16 16:37
你好，我在工作文件夹中添加了vdwradi.dat，所有的原子都被包含，还是有这样的warning，应该怎么做呢，能 ...

一般是格式问题，需要指定原子名称和范德华半径，不能简单的指定元素，一般是粗粒化才会遇到这种问题，你可以放文件上来。
作者
Author: zdworld    时间: 2024-6-4 15:53
amdno 发表于 2024-5-16 16:37
你好，我在工作文件夹中添加了vdwradi.dat，所有的原子都被包含，还是有这样的warning，应该怎么做呢，能 ...
  1. W   W   0.264
  2. PPN CO  0.264

  4. ???  V1 0.191
  5. ???  V2 0.191
  6. ???  V3 0.191
复制代码

格式就这样，残基+原子名+半径
作者
Author: amdno    时间: 2024-6-4 22:10
zdworld 发表于 2024-6-4 15:53
格式就这样，残基+原子名+半径

好的，感谢你的回复
作者
Author: 肥力丝    时间: 2024-6-21 15:39
amdno 发表于 2024-5-16 16:41
我是直接将share/top里面的vdwradii.dat复制到工作文件夹了，这样还是有这个warning

请问同学您这个问题解决了吗？我也是将vdwradii.dat复制过来，还是有这个warning，应该怎么解决呢？
作者
Author: cycheng    时间: 2025-1-2 09:28
本帖最后由 cycheng 于 2025-1-2 09:31 编辑

请问大家一下，已经将修改的文件放入工作目录了，但仍然有上述warning，下图是我的修改后的dat文件格式，想请问一下这个可能的问题是什么



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