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标题: 聚合物在LAMMPS退火后，在模拟盒子中分布不均匀，有很多空隙 [打印本页]

作者
Author: wudiya 时间: 2023-11-27 20:39
标题: 聚合物在LAMMPS退火后，在模拟盒子中分布不均匀，有很多空隙
本帖最后由 wudiya 于 2023-11-27 21:09 编辑

各位好，向各位请教一下，我通过MS对聚合物进行建模，转化成data文件后，在LAMMPS进行退火，首先在600K，100atm下运行0.25ns，然后再300K，1atm下运行0.25ns，但退火之后模拟盒子中的聚合物有很多的空隙，分布不均匀(不好意思，由于图片无法很好展示空隙，所以只能描述情况了)，所以想向各位请教一下这种情况应该怎么样处理

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-27 20:56
描述清楚模拟设定
通常通过压浴自发可以很大程度消除空隙

作者
Author: wudiya 时间: 2023-11-27 21:11

sobereva 发表于 2023-11-27 20:56
描述清楚模拟设定
通常通过压浴自发可以很大程度消除空隙

谢谢sob老师，我是采用先在600K，100atm下运行0.25ns，然后在300K，1atm下运行0.25ns，不知道sob老师您说的压浴自发是如何设定

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-27 23:23

wudiya 发表于 2023-11-27 21:11
谢谢sob老师，我是采用先在600K，100atm下运行0.25ns，然后在300K，1atm下运行0.25ns，不知道sob老师您说 ...

MD时间太短
用了压浴，而且当分子是柔性的，控压的效果自然会消除盒子里空白区域

作者
Author: wudiya 时间: 2023-11-28 14:37

sobereva 发表于 2023-11-27 23:23
MD时间太短
用了压浴，而且当分子是柔性的，控压的效果自然会消除盒子里空白区域

好的好的，非常感谢sob老师

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