计算化学公社

标题: Gromacs续跑问题 [打印本页]

作者
Author: CharlesN 时间: 2023-11-28 07:42
标题: Gromacs续跑问题
我在续跑输入指令的时候 -extend 后面值输错了（巨大无比）生成的作业要跑几千ns 请问哪个指令可以减小作业时间呀 -extend （负数）这样不行额谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-28 08:53
尝试用-until和-nsteps改

作者
Author: CharlesN 时间: 2023-11-28 10:38

sobereva 发表于 2023-11-28 08:53
尝试用-until和-nsteps改

好的！谢谢sob老师的及时解答！我去试一下

作者
Author: CharlesN 时间: 2023-11-28 16:17

sobereva 发表于 2023-11-28 08:53
尝试用-until和-nsteps改

你好sob老师，刚刚在输代码的时候输错了不小心把Gmx mdrun -v -deffnm md_0_1 -cpi md_0_1.cpt输成了Gmx mdrun -v -deffnm md_0_1 -cpi md1.cpt。然后开始模拟了。我b掉之后再输代码跑就没法跑了，不是从0开始跑就是提示
Inconsistency in user input:
Checksum wrong for 'md_0_1.edr'. The file has been replaced or its contents
have been modified. Cannot do appending because of this condition.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
还有机会补救吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 00:12

CharlesN 发表于 2023-11-28 16:17
你好sob老师，刚刚在输代码的时候输错了不小心把Gmx mdrun -v -deffnm md_0_1 -cpi md_0_1.cpt输成了Gmx ...

原先的部分还在

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)