计算化学公社

标题: 求助基于AIMD分子动力学计算熔盐体系粘度计算 [打印本页]

作者
Author: fuzanhui 时间: 2023-11-28 11:03
标题: 求助基于AIMD分子动力学计算熔盐体系粘度计算
我想采用分子动力学模拟LiF-23mol%NdF3熔盐体系的粘度（Cp2K AIMD,NPT_I,CSVR,1223K，跑10000步，10ps），然后根据公式：
粘度=TKb/(6*pi*R*D)进行计算。

现在有两个不明白和地方
1、这个公式里面的R这个值怎么求？我用VMD分析Li-Nd径向分布函数，得到R=3.75埃是否合适？

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2、这个公式里面的扩散系数D应该是体系的总的扩散系数吧？我只会求单个原子的的扩散系数，总的扩散系数是不是在使用RMSD trajectory tool时使用“name F Li Nd”选中所有的原子，然后将得到的RMSD进行平方，得到MSD的值，绘制RMSD-t图，拟合直线，斜率/6就可以得到总的扩散系数？
以上两个问题向老师请教，谢谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 02:43
强烈建议借用gmx msd计算扩散系数，不仅省事得多，省得自己拟合，还能在计算MSD时自动对所有可以考虑的时间跨度取时间平均，得到的MSD比你这么做光滑准确得多

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我专门讲了

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作者
Author: fuzanhui 时间: 2023-11-29 12:33

sobereva 发表于 2023-11-29 02:43
强烈建议借用gmx msd计算扩散系数，不仅省事得多，省得自己拟合，还能在计算MSD时自动对所有可以考虑的时间 ...

谢谢卢老师指导，我试一下用gmx分析，最重要的还有一个问题是，我以这种方式来计算粘度的方法是对的吗？

作者
Author: 759884279 时间: 2023-11-29 19:57
你好，请问可以加个好友聊聊吗？我也是用CP2K做熔盐体系AIMD的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-30 10:07

fuzanhui 发表于 2023-11-29 12:33
谢谢卢老师指导，我试一下用gmx分析，最重要的还有一个问题是，我以这种方式来计算粘度的方法是对的吗？

我没见过文献里用那个公式算这类体系的
那个公式原理上只是个粗糙的关系，R怎么定义都有任意性。对于当前体系是否适用我不清楚，对当前情况用这个公式的话最好找到相关文献作为支撑

作者
Author: fuzanhui 时间: 2023-11-30 10:25

sobereva 发表于 2023-11-30 10:07
我没见过文献里用那个公式算这类体系的
那个公式原理上只是个粗糙的关系，R怎么定义都有任意性。对于当 ...

好的，谢谢卢老师的耐心解答

作者
Author: 759884279 时间: 2023-12-5 15:10
1、知道了各元素的扩散系数后，总扩散系数是各元素的离子数乘以各元素的扩散系数的和，而平均扩散系数则是总扩散系数除以总离子数就行。
2、这里R是(扩散颗粒的水动力直径），可以通过求总离子键的平均值来计算

作者
Author: fuzanhui 时间: 2023-12-7 09:59

759884279 发表于 2023-12-5 15:10
1、知道了各元素的扩散系数后，总扩散系数是各元素的离子数乘以各元素的扩散系数的和，而平均扩散系数则是 ...

谢谢回复，按照您说的方法重新计算了一下，计算结果与实验值差了20多倍，肯定还是哪里不对

作者
Author: 759884279 时间: 2023-12-7 11:08
本帖最后由 759884279 于 2023-12-7 11:13 编辑

是不是没有算对呢。我算出来的，以及已有的模拟文献也和实验测得（上世纪50年代做出来的）的粘度有很大出入

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