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标题: 求助--如何构建5‘端连接了一个丙烯酸酯分子的DNA拓扑结构，用于GROMACS的MD模拟 [打印本页]

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Author: HYUAN 时间: 2023-11-28 16:21
标题: 求助--如何构建5‘端连接了一个丙烯酸酯分子的DNA拓扑结构，用于GROMACS的MD模拟
求助--如何构建5‘端连接了一个丙烯酸酯分子的DNA拓扑结构，用于GROMACS的MD模拟
我想构建出丙烯酸酯分子与约十几个核苷酸的DNA链的5'端相连的结构，如图所示这样的一个大概结构。想请教各位老师，这种类型的结构如何得到其拓扑文件，力场使用的是AMBER14SB_OL15力场。我已经自己尝试构建了很久，但一直报错，所得到的拓扑文件一直用不了，我先将丙烯酸酯分子（后简称ACR）以及与其相连的5’端的首位G核苷酸残基这两部分作为一个整体去得到ACR-G这样一个结构，之后将其按照.rtp文件的格式做成rtp文件放入AMBER14SB_OL15的力场文件中，但是运行之后报错，发现需要自己去构建ACR-G残基的.hdb文件，但是结构比较复杂，自己手动写的话也不太会。想请教各位老师我目前的构建方法是否合理，以及有没有更简便一点的构建方法。

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