计算化学公社

标题: 使用neb方法进行过渡态搜寻时过渡态结构不合理 [打印本页]
作者
Author: 943436427    时间: 2023-11-28 18:55
标题: 使用neb方法进行过渡态搜寻时过渡态结构不合理
本帖最后由 943436427 于 2023-11-29 19:36 编辑

图一是我输入文件中水和一氧化碳的结构
图二是过渡态搜寻过程中我查看的结果。
我的路径是氢气加二氧化碳变成一氧化碳和水。
在这个过渡态搜寻中他给我优化回去了，并且在文件中提示我 *** WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converged ***。
想请问一下是我的结构有问题嘛，还是基组等的选择有问题。
输入文件在附件中。
感谢sob老师的提醒，图一，图二用ms调整了一下显示，完整的输入和出的结构文件在附件压缩包中。

输入文件过渡态插电方法使用的是sob老师在《sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具》一文中提供的方法。
输入文件使用Multiwfn程序创建。
有问题的结构为第四步和第五步我单独放在附件中。

作者
Author: sobereva    时间: 2023-11-29 03:23
别把图画得那么抽象
VMD里用CPK方式画多好
z方向考虑k点毫无意义
PBEsol对计算化学反应问题没什么好处
此体系明显更适合MT结合二维周期性计算
对于牵扯GTH赝势计算Na的情况，CUTOFF 400不够
对于有基底的情况，根本不该开ALIGN_FRAMES和ROTATE_FRAMES

SCF不收敛该怎么解决怎么解决
解决CP2K中SCF不收敛的方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

连结构文件都不给，没法做更多comment
作者
Author: Exodus    时间: 2023-11-29 09:47
水里面CO2加氢，真的有这种反应吗？虽然加氢是放热反应，但是对于前几步基元反应来说一般需要通过很高的温度来克服加氢的能垒。这更像是一个电催化反应，水解离生成的质子与二氧化碳耦合
作者
Author: 943436427    时间: 2023-11-29 20:10
本帖最后由 943436427 于 2023-11-29 20:29 编辑
sobereva 发表于 2023-11-29 03:23
别把图画得那么抽象
VMD里用CPK方式画多好
z方向考虑k点毫无意义

sob老师您好我将结构用ms重新画了，并且将整体的结构文件放在附件中了。
我这个结构是用沸石切面阔胞得到的，这个z方向的k点也是不用考虑的吗。
可能是我之前没有放结构出来，我这个结构原子数有161，属于沸石结构。
所以选用了PBEsol进行了前期的结构优化并进行过渡态搜寻。
我重新检查了自己基组发现漏洞很多。
基于我之前使用Gaussian的经验我结构中含有铜应该单独运用基组例如lan2dz，对剩下的元素使用6-311G** pbe0。

但是我在Multiwfn的输入界面中没有找到关与lan2dz或者是sdd的选择。
对于cotoff的设置我查询到有人设置为500，这里设置为500会合理吗。

我对cp2k的输入文件掌握还是十分粗糙，对输入文件大多都是用Multiwfn直接创建的，十分感谢老师的提醒。
作者
Author: 943436427    时间: 2023-11-29 20:11
Exodus 发表于 2023-11-29 09:47
水里面CO2加氢，真的有这种反应吗？虽然加氢是放热反应，但是对于前几步基元反应来说一般需要通过很高的温 ...

是我的图片有问题，我是在沸石中催化二氧化碳加氢气转化为一氧化碳和水。
作者
Author: sobereva    时间: 2023-11-30 11:07
943436427 发表于 2023-11-29 20:10
sob老师您好我将结构用ms重新画了，并且将整体的结构文件放在附件中了。
我这个结构是用沸石切面阔胞得 ...

非周期性方向显然不考虑k点（k点数=1）

CP2K没法用Gaussian程序能用的那些基于高斯函数展开的赝势，赝势只能用GTH（或者进一步的NLCC变体）

GTH赝势描述Na，Cutoff（记清楚怎么拼）500不够

正确合理使用CP2K十分需要系统性学一遍。涉及的各种知识在北京科音CP2K第一性原理计算培训班都全面讲了
作者
Author: 943436427    时间: 2023-11-30 11:37
本帖最后由 943436427 于 2023-11-30 11:49 编辑
sobereva 发表于 2023-11-30 11:07
非周期性方向显然不考虑k点（k点数=1）

CP2K没法用Gaussian程序能用的那些基于高斯函数展开的赝势，赝 ...


十分感谢老师的回答。
我还有一些疑惑。

就我目前这个计算问题是什么原因导致的。是基组还是cutoff设置不合理亦或者是我的模型构建不合理。
我将每一个过渡态用dimer方法进行计算可否避免这种问题。





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