计算化学公社

标题: 请问如何运行产生力场输入文件的python脚本 [打印本页]

作者
Author: 一条君 时间: 2023-11-28 21:57
标题: 请问如何运行产生力场输入文件的python脚本
本帖最后由一条君于 2023-11-28 22:02 编辑

开发离子液体的作者给出了产生力场输入文件的python脚本，网址为fftool v1.0.0 (zenodo.org)或GitHub - paduagroup/fftool: Tool to build force field input files for molecular simulation.，软件见附件，请问应该如何运行呢？之前应该已经按社长教程在centos中安装python了，谢谢~

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-28 23:06
用AuToFF的离子液体模块即可https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/ion-liquid，包含了OPLS-2009IL和CL&P两个主流的离子液体力场。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 02:58
按README.md说的运行就完了

另外，OPLS-2009IL支持的离子液体有现成的拓扑文件https://github.com/orlandoacevedo/IL，不需要利用任何其它工具产生

其它的离子液体拓扑文件都可以用http://sobereva.com/soft/Sobtop很容易地产生

作者
Author: 一条君 时间: 2023-11-29 03:27

sobereva 发表于 2023-11-29 02:58
按README.md说的运行就完了

另外，OPLS-2009IL支持的离子液体有现成的拓扑文件https://github.com/orlan ...

老师，请问github中2009il的分子itp文件可以直接拿来在gromacs中用吗，还是需要自己进行单位换算呀？谢谢~

问题源于按照2楼autoff产生的二面角数值和2009il的二面角数值不一样
2009il
F-C-S-N 1 2 12 13 5 0.000 0.000 1.322 0.000 ;
autoff
F-C-S-N 14 12 2 1 3 1.3220 -1.9830 0.0000 -0.6610 0.0000 0.0000

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 03:40

一条君发表于 2023-11-29 03:27
老师，请问github中2009il的分子itp文件可以直接拿来在gromacs中用吗，还是需要自己进行单位换算呀？谢谢 ...

直接用

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-29 08:04
本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-29 08:14 编辑

一条君发表于 2023-11-29 03:27
老师，请问github中2009il的分子itp文件可以直接拿来在gromacs中用吗，还是需要自己进行单位换算呀？谢谢 ...

函数形式换算的问题，论坛可以搜到OPLS的形式可以换算成Ryckaert-Bellemans形式，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... Mw&noupdate=yes

作者
Author: 一条君 时间: 2023-11-29 15:45
本帖最后由一条君于 2023-11-29 16:01 编辑

sobereva 发表于 2023-11-29 03:40
直接用

老师，请问能问一下直接在GMX中用github中09IL参数的原理吗，09il中的二面角参数是已经按照[size=9.9626pt]Ryckaert-Bellemans转换过了还是？为什么和autoff数值不一样呢，是autoff弄错了？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-29 17:28

一条君发表于 2023-11-29 15:45
老师，请问能问一下直接在GMX中用github中09IL参数的原理吗，09il中的二面角参数是已经按照Ryckaert-Bell ...

直接用OPLS形式就行，Ryckaert-Bellemans是为了兼容很老版本的Gromacs

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