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标题: 非标准残基初始文件处理问题 [打印本页]

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-11-28 23:48
标题: 非标准残基初始文件处理问题
我想使用图中sticks形式的结构作为非标准残基，于是我用Gaussian创建了残基和小分子之间的共价键并进行优化
但是我的pdb中小分子是不能形成共价键的，是否有必要先进行共价对接，这样的结构能否作为gromacs的输入结构呢？

我实际尝试了下，在进行能量最小化时报错

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 02:20
你既然已知小分子和蛋白质不能形成共价键，还做共价对接做什么
把小分子当做普通配体就完了

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-11-29 20:39

sobereva 发表于 2023-11-29 02:20
你既然已知小分子和蛋白质不能形成共价键，还做共价对接做什么
把小分子当做普通配体就完了

不是不能，是我的pdb文件不能，现实里是可以的

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