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标题: gmx跑完蛋白配体复合物的模拟后生成的RMSD值，小分子的Y值波动空间和复合物的不一致 [打印本页]

作者
Author: Ribes 时间: 2023-11-29 09:24
标题: gmx跑完蛋白配体复合物的模拟后生成的RMSD值，小分子的Y值波动空间和复合物的不一致
请问各位老师，我用gromacs2018跑了一个蛋白-配体复合物的模拟，模拟结束后生成RMSD，蛋白与复合物的RMSD较为吻合，但是配体的差异较大，请问这样正常吗？

charmm36力场，小分子配体力场文件由CGenFF生成，
模拟100ns后输入分析代码：
gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-1 06:32
语义不明
什么叫差异较大，跟什么比差异较大，完全不知道在说什么

作者
Author: Ribes 时间: 2023-12-1 14:41

sobereva 发表于 2023-12-1 06:32
语义不明
什么叫差异较大，跟什么比差异较大，完全不知道在说什么

不好意思sob老师，是我表述的不清楚。蛋白与配体的动力学模拟完后，我发现复合物和蛋白的RMSD在2.75附近波动，且波动频率基本吻合。但是小分子配体的RMSD在0.25附近波动，请问这样的现象是正常的吗？谢谢sob老师的回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 11:07

Ribes 发表于 2023-12-1 14:41
不好意思sob老师，是我表述的不清楚。蛋白与配体的动力学模拟完后，我发现复合物和蛋白的RMSD在2.75附近 ...

本来蛋白质-配体复合物绝大多数原子就是蛋白质的原子，显然蛋白质和复合物的RMSD曲线相似度必然很高。配体和复合物的特征差异就大了去了

作者
Author: Ribes 时间: 2023-12-2 14:17

sobereva 发表于 2023-12-2 11:07
本来蛋白质-配体复合物绝大多数原子就是蛋白质的原子，显然蛋白质和复合物的RMSD曲线相似度必然很高。配 ...

明白了，谢谢sob老师的耐心解答！

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