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标题: packmol建模后使用gmx editconf建立盒子并生成gro文件时出错 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2023-11-29 21:36
标题: packmol建模后使用gmx editconf建立盒子并生成gro文件时出错
本帖最后由 zhangfaxue 于 2023-11-29 21:39 编辑

1、使用packmol建模后（根据指定密度，确定了盒子大小和分子数量，固定了不同种类分子所在位置等）保存PDB文件，用于gromacs模拟，但是保存的pdb文件都是坐标文件那岂不是之前packmol盒子大小的设置这一步就没有意义了？
2、我想使用gmx先转换为gro文件再开展下一步能量最小化，但是gmx editconf -f A.pdb -o A.gro -box 10.0 4.0 4.0 时，结果出现错误如图可视化
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-1 06:11
pdb文件的CRYST1字段就是用来记录晶胞信息的

作者
Author: Jotaro 时间: 2023-12-1 11:43
packmol输入文件加上add_box_sides 1.2 ，然后在能量最小化的命令中 -c 你的pdb文件

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2023-12-1 15:33

sobereva 发表于 2023-12-1 06:11
pdb文件的CRYST1字段就是用来记录晶胞信息的

谢谢老师！

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2023-12-1 15:34

Jotaro 发表于 2023-12-1 11:43
packmol输入文件加上add_box_sides 1.2 ，然后在能量最小化的命令中 -c 你的pdb文件

谢谢指导

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