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标题: 如何使用GMX在真空立方盒子中对球形油-表面活性剂-水的多相结构进行弛豫 [打印本页]

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Author: 不，是你的wdb 时间: 2023-11-29 23:25
标题: 如何使用GMX在真空立方盒子中对球形油-表面活性剂-水的多相结构进行弛豫
请教各位大佬。我在论文Langmuir 2019, 35, 13636-13645中看到作者使用gmx模拟了真空立方盒子中油-表面活性剂-水的球形结构的表面塌陷问题，方法中提到的模拟过程是能量最小化-NVT-NPT。结构在模拟中保持了球形状态。我有一个疑问，真空盒子中的球状结构怎么能够使用NPT的同时保持其结构的形状呢？我自己在做油包水的球形结构时，NVT中就已经有部分分子游离在球体之外了。那怎么才能在不影响计算结果的情况下保持模拟中球形结构不散掉呢？我看网上有人说要使用flat_bottomed position restraint将分子限制在球体内，不知道这种方法是否妥当。除了这种方法还有没有其他的方法呢？谢谢各位的帮助。

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