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标题: 模拟简单的醇盒子，产生相盒子突然变大了 [打印本页]

作者
Author: zc000 时间: 2023-12-1 10:18
标题: 模拟简单的醇盒子，产生相盒子突然变大了
本帖最后由 zc000 于 2023-12-1 10:20 编辑

请问，我现在做了一个醇盒子，做能量极小化和平衡相的时候，结果比较正常；再做产生相的时候，盒子突然变得非常大，请问是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 12:22
prod用c-rescale或berendsen压浴再试

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-27 20:34
你好，你解决这个问题了吗？我也出现了产生相盒子变大了1000倍然后体系崩溃了。

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-27 20:48
本帖最后由 student0618 于 2025-10-27 20:49 编辑

Hanna110 发表于 2025-10-27 20:34
你好，你解决这个问题了吗？我也出现了产生相盒子变大了1000倍然后体系崩溃了。

温度？用什么压浴？压力？
有很多可能的原因。单是描述结果，没更多资讯无法排查的。

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-27 21:04

student0618 发表于 2025-10-27 20:48
温度？用什么压浴？压力？
有很多可能的原因。单是描述结果，没更多资讯无法排查的。

integrator = md
dt       = 0.001 ;unit ps
nsteps    = 40000000 ;40ns
comm-grps  = system ;对整个体系消除整体文件
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500                                  ;500步输出一次log文件
nstenergy = 500                            ;500步输出一次能量文件
nstxout-compressed = 1000          ;1000步输出一次轨迹
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = EnerPres
fourierspacing    =  0.12
;
Tcoupl  = Nose-Hoover          ;温浴
tau_t = 0.8
tc_grps = system
ref_t = 300
;

;Pcoupl    = parrinello-rahman; 压浴
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.475e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 300
gen_seed = -1
;
prod.mdp如上，温度300K, PR压浴，1atm,平衡没出现问题挺正常，就是一跑prod就盒子变得非常大最后崩溃

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-27 21:08

Hanna110 发表于 2025-10-27 21:04
integrator = md
dt = 0.001 ;unit ps
nsteps = 40000000 ;40ns

sob老师楼上说了pcoupl换berendsen或c-rescale试试。

还有这个mdp 把压浴comment掉了？

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-27 21:09

student0618 发表于 2025-10-27 21:08
sob老师楼上说了pcoupl换berendsen或c-rescale试试。

还有这个mdp 把压浴comment掉了？

嗯嗯，不好意思，是带pr压浴崩溃了，现在在排查原因刚刚忘删；了

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