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标题: IGM脚本如何对体系内多个组分间的原子对贡献进行批量化快速分类问题求助 [打印本页]

作者
Author: Wu_Peng 时间: 2023-12-1 14:11
标题: IGM脚本如何对体系内多个组分间的原子对贡献进行批量化快速分类问题求助
目的：探究MOF体系中分子间弱相互作用具体贡献

尝试：已编写shell脚本可以初步实现批量化计算

更多问题细节描述：本体系分成了7个片段（6个客体分子和1个MOF），IGM计算耗时约5-10 min，评估贡献时每次只能选择两个片段，因此需要评估21次（6*7/2），每次评估根据格点精度还需要耗时1-3分钟。每次评估完将结果文件移动到对应文件夹进行分类，方便后续查看。

具体求助问题：
1 能否在每次生成atmdg.txt后，在不终止Multiwfn使用的情况下，把atmdg文件移动到对应文件夹，然后再继续选择其它剩余片段进行分析，而不用每次都进行重新计算。
2 使用cygwin执行shell脚本，单次IGM计算时长明显高于window下直接使用Multiwfn的计算，是什么原因导致的。如果改用cmder或直接使用linux系统计算是否可能有好转。

其它说明：
1 为方便后续VMD直接快速作图，超胞后删减了部分原子，结构见附件
2 已知晓IGMH可以更好体现weak interaction，这只是个示例
3 已知晓贡献只是一定程度上的定量描述，更准确可以用BCP等，本例主要想问是否能在不终止Multifwn的情况下，进行外部操作，然后再回到Multiwfn中继续分析其它部分，而不用再重新计算（虽然Multiwfn已经挺快了）
4 本人小白，初次接触计算化学相关内容，虚心接受大家批评指正。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-3 02:53
1 不能。是否退出一次不影响接下来的计算耗时，只要片段重新定义了就必然需要重新算格点数据，之前的数据没法复用

2 没必要用cygwin。cmder运行shell脚本不会影响计算耗时。注意Multiwfn是否识别到了settings.ini，没识别到的话会使用默认的nthreads参数对应的并行核数，如果小于CPU物理核心数肯定会浪费CPU资源

完全可以在Multiwfn里一次性直接定义7个片段，直接就会给出7个片段间的总相互作用，省得反复调用

作者
Author: Wu_Peng 时间: 2023-12-3 14:05
收到，感谢回复！

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