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标题: 动力学模拟过程中占位阳离子与母体分离 [打印本页]

作者
Author: 果果123 时间: 2023-12-1 16:15
标题: 动力学模拟过程中占位阳离子与母体分离
60*60*60 的盒子放了 1 {[V12O32Cl2][DMA]2}3- 3 NBu+ 100[NBu]4[PF6] 1650 CH3CN
{[V12O32Cl2][DMA]2}3- 体系结构如下 (, 下载次数 Times of downloads: 0) 在动力学模拟过程中看到上下两个作为占位符的[DMA]+ 在溶液中与V12母体相分离
top文件使用sobtop V12母体使用的DRIH DMA分别做了柔性处理
但是动力学模拟过程中并没有报错
请问一下各位老师这种情况符合客观事实吗如果不符合该做出怎样的修改才能让DMA+不与V12相分离呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 15:35
除非两个部分形成有共价作用的化学键，否则在溶液中分离是很正常的事

作者
Author: 果果123 时间: 2023-12-4 09:17
本帖最后由果果123 于 2023-12-5 14:22 编辑

sobereva 发表于 2023-12-2 15:35
除非两个部分形成有共价作用的化学键，否则在溶液中分离是很正常的事

好的感谢sob老师回复我这面打算计算V12的扩散系数是不是只能把这两个占位阳离子（DMA+）和V12分成两个不同的组在进行动力学模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-5 01:37

果果123 发表于 2023-12-4 09:17
好的感谢sob老师回复我这面打算计算V12的扩散系数是不是只能把这两个占位符和V12分成两个不同的组在 ...

general场所中讨论时不要用“占位符”这种黑话

“组”指代不明。跟组有什么关系。拓扑文件的话应当[V12O32Cl2]和[DMA]分别用sobtop产生，因为不是共价作用结合的

作者
Author: 果果123 时间: 2023-12-5 09:55

sobereva 发表于 2023-12-5 01:37
general场所中讨论时不要用“占位符”这种黑话

“组”指代不明。跟组有什么关系。拓扑文件的话应当[V1 ...

好的 sob老师我这就去尝试非常感谢

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