计算化学公社

标题: 萘物性模拟时，平衡相模拟正常结束，但产生相模拟出错 [打印本页]

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-1 20:25
标题: 萘物性模拟时，平衡相模拟正常结束，但产生相模拟出错
老师，我用sobtop+RESP2得到萘的top文件，在gromacs计算时平衡相模拟正常结束并达到平衡，产生相模拟很快结束但结果有问题。下面是平衡相和产生相的密度-时间的图，ChemicalBook上查阅萘的密度为990kg/m3。上传了相关文件，请老师帮忙看看，上个月参加培训才开始接触gmx，实在是找不到出错原因在哪

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-1 23:06
没结构文件，没法完整检查
VMD里仔细看轨迹，显示出盒子，看盒子怎么变化的

产生相继续用berendsen，看是什么情况

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-3 20:44
本帖最后由 yilan 于 2023-12-3 20:46 编辑

这是轨迹文件

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-3 20:45

sobereva 发表于 2023-12-1 23:06
没结构文件，没法完整检查
VMD里仔细看轨迹，显示出盒子，看盒子怎么变化的

老师，在你的建议下，我又做了一些小分子的动力学模拟，top文件用sobtop+RESP2生成。在计算无苯环物质（乙二醇、丙三醇）的物性时，产生相用parrinello-rahman，gmx正常结束；但计算带苯环物质（甲苯、萘、吲哚）的物性时，产生相用parrinello-rahman，gmx不能正常结束，而用Berendsen，gmx能正常结束。用VMD查看parrinello-rahman时的结构和轨迹，发现分子都散了且盒子先从小变大后又变小，这是什么原因啊？结构文件太大上传不了，故上传了轨迹文件看盒子的变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-4 02:54

yilan 发表于 2023-12-3 20:44
这是轨迹文件

对应的结构文件都没有，光传个xtc别人根本没法看轨迹

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-4 02:54

yilan 发表于 2023-12-3 20:45
老师，在你的建议下，我又做了一些小分子的动力学模拟，top文件用sobtop+RESP2生成。在计算无苯环物质 ...

既然Berendsen没问题就一直用Berendsen。或者用c-rescale，对平衡相和产生相都能用，都免得切换压浴。PR压浴有时候就是表现得很恶心

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-4 09:04

sobereva 发表于 2023-12-4 02:54
既然Berendsen没问题就一直用Berendsen。或者用c-rescale，对平衡相和产生相都能用，都免得切换压浴。PR ...

嗯嗯，好。谢谢老师解答。

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