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标题: 如何生成OPLS-AA力场的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-2 09:09
标题: 如何生成OPLS-AA力场的拓扑文件
各位老师好，目前我想使用GROMACS和OPLS-AA力场模拟约300原子体系的中性有机分子（主要是C、H、O、N、Br），通过分子动力学模拟观测其动态的构象变化。
尝试使用LigParGen生成模拟文件时发现报错，请问对于这种体系如何正确生成对应的模拟文件呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-2 10:05
试试这个：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-12-2 10:19
本帖最后由七尺贱于 2023-12-2 11:01 编辑

二楼说的AUTOFF确实不错

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-2 10:31

七尺贱发表于 2023-12-2 10:19
二楼说的AUTOFF确实不错，你的OPLS-AA用LigParGen无法生成，大概率是Br没有参数，AUTOFF可以用备用力场自动 ...

OPLS-AA力场有Br的，但是Ligpargen限制了原子数为200.

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF，用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量例子
没有任何理由非得用原子类型名定义得乱糟糟的OPLS-AA

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-4 09:59

slxc920113 发表于 2023-12-2 10:05
试试这个：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

太感谢了，我试一下！

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-4 10:00

sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF，用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

谢谢sob老师回复，因为OPLS有很多相关体系的模拟，所以想先试试OPLS

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-4 16:33
这是生成的.itp文件

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-4 16:36

slxc920113 发表于 2023-12-2 10:05
试试这个：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

想请教一下，我在AUTOFF中使用OPLS-AA/M和1.14xCM1A-LBCC电荷，电荷缩放系数为1，将生成的文件使用GROMACS运行能量最小化和MD都发现苯环是扭曲的状态，请问是哪里出了问题呢？我检查了原子类型和示例图中的原子类型基本相符，相关文件放在楼下了。

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-4 16:55

slxc920113 发表于 2023-12-2 10:05
试试这个：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

我看到input.itp中有二面角没有参数而被固定住了，有可能是因为这个原因吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-4 17:35
本帖最后由 slxc920113 于 2023-12-4 17:38 编辑

1739140886 发表于 2023-12-4 16:55
我看到input.itp中有二面角没有参数而被固定住了，有可能是因为这个原因吗？

你可以将冻结的二面角参数删除，换成自由运动的试试。但是苯环的平面主要是improper决定的，当然实际模拟的时候其实并不是完全平面的，还是会有振动的，你如果觉得扭曲较大，试试把improper的力常数加大。我看angle里面其实也缺少参数，自动冻结了，如果找不齐参数你可以把GAFF力场作为备选，补充一下成键参数将就将就。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-5 01:35

1739140886 发表于 2023-12-4 16:33
这是生成的.itp文件

这种体系用GAFF极其适合，不会遭到任何质疑

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-5 10:01

sobereva 发表于 2023-12-5 01:35
这种体系用GAFF极其适合，不会遭到任何质疑

谢谢sob老师回复，我还是尝试用GAFF吧！

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-5 10:21

slxc920113 发表于 2023-12-4 17:35
你可以将冻结的二面角参数删除，换成自由运动的试试。但是苯环的平面主要是improper决定的，当然实际模拟 ...

谢谢，我也再尝试一下！

作者
Author: 1739140886 时间: 2023-12-6 16:26

slxc920113 发表于 2023-12-4 17:35
你可以将冻结的二面角参数删除，换成自由运动的试试。但是苯环的平面主要是improper决定的，当然实际模拟 ...

找到原因了，是因为AUTOFF生成的1.14xCM1A-LBCC电荷不正确导致的，部分原子被分配了明显不合理的电荷（±4~±6），我换用基于DFT计算的电荷后模拟正常多了，但还有问题想请教一下：
1.如果缺失了部分二面角参数，直接以AUTOFF输出的方式模拟会不会引起什么问题，有没有比较合理的方法处理（比如像您说的直接删除这些二面角参数）；
2.怎么看到angle里面也缺少了参数呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-6 23:31

1739140886 发表于 2023-12-6 16:26
找到原因了，是因为AUTOFF生成的1.14xCM1A-LBCC电荷不正确导致的，部分原子被分配了明显不合理的电荷（± ...

特殊的成键形式的话CM1A电荷确实很可能不可靠，对于缺失的二面角，如果你觉得自由旋转是合理的（转动能垒很低），那可以把刚性约束删除，如果需要保持当前的二面角不变，就保留。angle和bond项缺失的时候，程序会自动以当前结构的键长、键角作为平衡的键长、键角，并且将力常数设置得很大将结构冻结住。你看到angle项的结尾几个参数力常数都特别大基本就是程序自动补的。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-1-5 14:05

sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF，用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

老师您好，参加了您的gromacs培训班，受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中，第48页PPT(不同力场的comb-rule)和55，56页PPT(决定非键参数的规则)，您能分享一下彩色版的这三页PPT吗，非常感谢🙏🏻

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-6 17:50

七尺贱发表于 2024-1-5 14:05
老师您好，参加了您的gromacs培训班，受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中，第48页PPT(不同力场的com ...

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

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作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-1-6 18:33

sobereva 发表于 2024-1-6 17:50

谢谢老师

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-7 16:58

1739140886 发表于 2023-12-5 10:01
谢谢sob老师回复，我还是尝试用GAFF吧！

请问gromacs里面怎么用gaff呢，是不是要下载力场包粘贴进力场文件里面

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-10-25 09:27

sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF，用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

sob老师，这种体系我可以用GAFF力场去生成小分子top，生产模拟使用OPLS-AA力场嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-25 15:45

xishaofan 发表于 2024-10-25 09:27
sob老师，这种体系我可以用GAFF力场去生成小分子top，生产模拟使用OPLS-AA力场嘛

不能
干嘛非要用OPLS-AA，明明GAFF就表现很好。OPLS-AA能模拟的问题GAFF+AMBER都能模拟

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-10-30 10:06

sobereva 发表于 2024-10-25 15:45
不能
干嘛非要用OPLS-AA，明明GAFF就表现很好。OPLS-AA能模拟的问题GAFF+AMBER都能模拟

好的，谢谢sob老师

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