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标题: 求助多糖分子在DES中，能量最小化失败，NVT崩溃 [打印本页]

作者
Author: Tang2023 时间: 2023-12-4 09:56
标题: 求助多糖分子在DES中，能量最小化失败，NVT崩溃
采用packmol构建溶剂盒子5*5*5nm，体系中有1个多糖分子，DES分子（十四烷基三甲基溴化铵：乳酸，个数=30个：120个），FeCl3 2个（见：20231204.pdb）
gmx editconf将盒子pdb文件转为gro文件，用各个分子的fchk文件通过multiwave计算RESP电荷，用mol2文件通过Sobtop生成itp文件，修改top，itp文件（见：20231204.gro, topol.top, Cellulose.pdb, Cellulose.itp）
采用 (1) gmx grompp -f minim.mdp -c 20231204.gro -p topol.top -o em.tpr；(2) gmx mdrun -v -deffnm em的指令将体系能量最小化，出现“”的提示，但是能量还是大（见：图1，em.log，em.gro，minim.mdp文件）
继续用NVT控温，(1) gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr； (2) gmx mdrun -deffnm nvt ，在最开始直接崩溃（见：nvt.log，nvt.mdp）

出现该问题后，在论坛浏览相似问题，并试图通过调整mdp文件，溶剂盒子大小（分子的密度）和分子结构来解决问题，但是都失败了，实在是一筹莫展，请各位老师指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-4 10:31
没有叫multiwave的程序

搞清楚力场兼容性关系。有机小分子用sobtop产生的是基于GAFF的力场的拓扑文件，显然不能跟CHARMM力场结合使用

作者
Author: Tang2023 时间: 2023-12-6 08:44
感谢sob老师的回答，问题已解决

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