计算化学公社

标题: （已解决）OPLS力场下无法产生拓扑文件的问题 [打印本页]

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-4 10:50
标题: （已解决）OPLS力场下无法产生拓扑文件的问题
本帖最后由 Lance先生于 2024-8-23 14:52 编辑

请问一下社长，最近在做溶剂化自由能的计算，大概需要计算1000个有机小分子的溶剂化自由能，发现有些有机分子无法产生拓扑，请问该怎么解决？附上结构图

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-5 02:31
这种体系至少用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）基于GAFF力场是完全可以产生拓扑文件的

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-5 19:47

sobereva 发表于 2023-12-5 02:31
这种体系至少用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）基于GAFF力场是完全可以产生拓扑文件的

可是社长，我在做这些分子的溶剂化自由能，水的力场可以用GAFF吗？水的话不是最好用OPLS力场吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:34

Lance先生发表于 2023-12-5 19:47
可是社长，我在做这些分子的溶剂化自由能，水的力场可以用GAFF吗？水的话不是最好用OPLS力场吗？

水一律用专门的水模型

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-6 19:48

sobereva 发表于 2023-12-6 07:34
水一律用专门的水模型

是这样的社长，现在这种有机物的OPLS力场下的拓扑文件不能产生，而水分子只能用OPLS力场下的拓扑，所以这种有机物的溶剂化自由能得不到，是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-7 02:43

Lance先生发表于 2023-12-6 19:48
是这样的社长，现在这种有机物的OPLS力场下的拓扑文件不能产生，而水分子只能用OPLS力场下的拓扑，所以这 ...

完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件多好
用GAFF力场时，可以用gromacs自带的任意AMBER力场目录下的任意水模型的itp文件做模拟，水的力场参数是相应水模型定义的。至少用SPC/E

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-12-7 03:02
你先把分子的键连接关系画对，还有你怎么产生拓扑的

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-7 14:55

sobereva 发表于 2023-12-7 02:43
完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了，用sobtop（http://sobereva.co ...

学生愚昧，看懂了，谢谢社长

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-7 15:01
本帖最后由 Lance先生于 2023-12-7 19:15 编辑

喵星大佬发表于 2023-12-7 03:02
你先把分子的键连接关系画对，还有你怎么产生拓扑的

我是用在线的TPPmkTOP和LigParGen产生的，发现有些有机分子始终产生不了OPLS力场下拓扑文件。我有一个误区，就是我以为水分子只能用OPLS力场下的拓扑，现在知道了，谢谢了。

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-7 19:21

sobereva 发表于 2023-12-7 02:43
完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了，用sobtop（http://sobereva.co ...

社长，我做了一下乙醇的溶剂化自由能，用的是amber03力场，得到的结果是4.04 +/- 1.16，但是乙醇的溶剂化自由能应该是-19左右，您觉得问题可能出现在哪？附上结构以及参数文件

作者
Author: Lance先生 时间: 2023-12-8 09:58

sobereva 发表于 2023-12-7 02:43
完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了，用sobtop（http://sobereva.co ...

社长，您的回复我没看到，请问这种情况应该是哪里的问题？

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