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标题: 在Gromacs中进行蛋白质与膜的grompp模拟时出现Atomtype CA not found，请各位前辈帮助 [打印本页]

作者
Author: Rororozoroni 时间: 2023-12-4 10:54
标题: 在Gromacs中进行蛋白质与膜的grompp模拟时出现Atomtype CA not found，请各位前辈帮助
我在利用Gromacs进行蛋白质与膜模拟（Gromacs官方教程II）时，在进行gmx grompp -f minim_inflategro.mdp -c system_inflated.gro -p topol.top -r system_inflated.gro -o system_inflated_em.tpr时，出现了这样的报错：ERROR 1 [file ffnonbonded.itp, line 1584]:Atomtype CA not found，使用的力场是Gromacs自带的gromos53a6.ff，然后我去该力场文件的ffnonbonded.itp文件里nonbond_params里找到了下面的数据，但是在Atomtype里确实没有找到CA,CB,CD,我想请问应该如何解决，要手动改CA,CB,CD为C1,C2,C4吗？因为看了一些教程和帖子，但是新人确实不懂，怕出问题，想请教各位前辈应该如何解决。
  LNL    C 1 2.387718e-03 2.389594e-06
  LNL CA 1 1.564886e-03 9.180497e-07
  LNL CB 1 2.387718e-03 2.389594e-06
  LNL CD 1 4.695670e-03 6.068215e-06

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-5 02:32
力场搞混了，GROMOS力场本来就没有这种原子类型名字，AMBER力场才有

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