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标题: 当配体编号为序列中间的某一个数字时该如何进行MMPBSA计算 [打印本页]

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-12-4 11:32
标题: 当配体编号为序列中间的某一个数字时该如何进行MMPBSA计算
复合物包含LIG1, LIG2, LIG3, LIG4，protein。在complex.pdb中小分子的编号为1-4，氨基酸残基的编号为5-692。我想要分别以LIG1和LIG3为配体，其余部分为受体时计算结合自由能和分解自由能。
当以LIG1为配体计算时，先使用【ante-MMPBSA.py -p com.vac.prmtop -c com.new.prmtop -r receptor.prmtop -l ligand.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":1"】拆分受配体拓扑文件，mmpbsa.in文件中写入【receptor_mask=:2-692, ligand_mask=:1】，然后成功跑上了。
当以LIG3为配体计算时，先使用【ante-MMPBSA.py -p com.vac.prmtop -c com.new.prmtop -r receptor.prmtop -l ligand.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":3"】拆分受配体拓扑文件，mmpbsa.in文件中写入【receptor_mask=:1-2；4-692, ligand_mask=:3】，开始计算的时候报错，progress.log中说【MaskError: Unknown symbol (;) expression】，我认为是receptor_mask中的【;】写入错误，是受体不能是这样分段写的吗，正确写法是什么？还是说就不能这样写，这种情况下我该如何计算以LIG3为配体情况下的结合自由能？谢谢大家！

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-12-4 16:45
解决了，把mmpbsa.in文件中【receptor_mask=:1-2；4-692, ligand_mask=:3】整句删掉，跑上了。

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