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标题: vasp优化结构时候，对称性发生轻微变化，导致计算能带时，高对称点识别错误如何解决？ [打印本页]

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-4 20:06
标题: vasp优化结构时候，对称性发生轻微变化，导致计算能带时，高对称点识别错误如何解决？
如题，P-3m1晶系掺杂元素后想进行能带计算。
掺杂后，进行两步结构优化：ISIF=3充分弛豫，优化之后，将CONTCAR中坐标系中应该为零的位置重新改成0，之后复制成POSCAR，将ISIF=2，重新进行结构优化。但是优化之后a和b不相等了，角度也有特别微小的变化。
用vaspkit和search path寻找高对称点都不是P-3m1的，请问是计算操作有问题还是有什么技巧来处理类似的问题？

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-4 20:43
刚才又试了一下，ISIF=3, ISYM=2.不掺杂，扩胞后优化晶体结构，对称性不变，掺杂后，晶体对称性又改变了。请问这种情况能带计算的高对称点咋取？

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-5 02:38
这不是很正常吗，掺杂之后大部分情况下都不能保持原先的对称性，你就直接用原先的高对称点去算就行了，没关系的

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-5 10:18

shinkon 发表于 2023-12-5 02:38
这不是很正常吗，掺杂之后大部分情况下都不能保持原先的对称性，你就直接用原先的高对称点去算就行了，没关 ...

好的好的，刚开始学这东西，不大了解。谢谢您呀

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-5 17:19

shinkon 发表于 2023-12-5 02:38
这不是很正常吗，掺杂之后大部分情况下都不能保持原先的对称性，你就直接用原先的高对称点去算就行了，没关 ...

能再请教您一下嘛。就是我将原先的高对称点带进去之后，将静态的Incar改成能带计算的Incar之后，提交任务后，电子步不迭代，10s左右任务停止了就。请问这是哪里除了问题呀？做静态和结构优化都可以正常输出。

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-5 17:53

sciwizard 发表于 2023-12-5 17:19
能再请教您一下嘛。就是我将原先的高对称点带进去之后，将静态的Incar改成能带计算的Incar之后，提交任务 ...

你这提供的信息太少了，你需要查看一下OUTCAR，以及你们的作业管理系统给出的（错误）输出文件，你只说这样，根本推断不出出了什么问题。

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-5 18:44

shinkon 发表于 2023-12-5 17:53
你这提供的信息太少了，你需要查看一下OUTCAR，以及你们的作业管理系统给出的（错误）输出文件，你只说这 ...

这是我计算的一些信息，能麻烦您帮忙看一下嘛？谢谢您啦
下面是OUTCAR里除了K之外的信息
Static calculation
charge density and potential remain constant during run
non-spin polarized calculation
Variant of blocked Davidson
Davidson routine will perform the subspace rotation
perform sub-space diagonalisation
after iterative eigenvector-optimisation
no mixing
using additional bands          46
reciprocal scheme for non local part
use partial core corrections
calculate Harris-corrections to forces
(improved forces if not selfconsistent)
use gradient corrections
WARNING: stress and forces are not correct
  (second derivative of E(xc) not defined)
use of overlap-Matrix (Vanderbilt PP)
Gauss-broadening in eV    SIGMA  = 0.03

maximum and minimum number of plane-waves per node :    7353    7244

maximum number of plane-waves:    58580
maximum index in each direction:
IXMAX= 24 IYMAX= 24 IZMAX= 26
IXMIN=  -25 IYMIN=  -25 IZMIN=  -26

parallel 3D FFT for wavefunctions:
minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth)
parallel 3D FFT for charge:
minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth)

total amount of memory used by VASP MPI-rank0  2626912. kBytes
=======================================================================

base    :    30000. kBytes
nonl-proj : 1595139. kBytes
fftplans  :    9690. kBytes
grid    :    18168. kBytes
one-center:       360. kBytes
wavefun :    973555. kBytes

   INWAV:  cpu time 0.0000: real time 0.0000
initial charge density was supplied:
number of electron    386.9999998 magnetization
keeping initial charge density in first step
然后这里是Incar
SYSTEM=
NWRITE=2
ISTART=1
ISPIN=1
INIWAV=1
ICHARG=11
LORBIT=11

PREC=Accurate
NELM=200
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.01
ENCUT=480
NCORE=8
NSW=0
POTIM=0.3
IBRION=-1
ISIF=2
LCORR=.TRUE.

ISMEAR=0
SIGMA=0.03

IALGO=38
LREAL=.FALSE.
NSIM=1
IMIX=4
BMIX=1.0

LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
LVTOT=.FALSE.
下面是能带计算的K点，P-3m1结构的
K-Path Generated by VASPKIT.
30
Line-Mode
Reciprocal
0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000    #GAMMA
0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000    #M

0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000    #M
0.3333333333 0.3333333333 0.0000000000    #K

0.3333333333 0.3333333333 0.0000000000    #K
0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000    #GAMMA

0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000    #GAMMA
0.0000000000 0.0000000000 0.5000000000    #A

0.0000000000 0.0000000000 0.5000000000    #A
0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000    #L

0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000    #L
0.3333333333 0.3333333333 0.5000000000    #H

0.3333333333 0.3333333333 0.5000000000    #H
0.0000000000 0.0000000000 0.5000000000    #A

0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000    #L
0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000    #M

0.3333333333 0.3333333333 0.5000000000    #H
0.3333333333 0.3333333333 0.0000000000    #K

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-5 20:21

sciwizard 发表于 2023-12-5 18:44
这是我计算的一些信息，能麻烦您帮忙看一下嘛？谢谢您啦
下面是OUTCAR里除了K之外的信息
Static calcu ...

你的INCAR里不少莫名奇妙的行，如IMIX=4，BMIX=1.0，都是默认值，为什么要专门列出来？你自己知道里面所有参数的意义吗？
另外，最重要的作业管理系统的报错文件你没贴出来啊……我怀疑是内存相关的问题。

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-5 20:34
本帖最后由 sciwizard 于 2023-12-5 20:40 编辑

shinkon 发表于 2023-12-5 20:21
你的INCAR里不少莫名奇妙的行，如IMIX=4，BMIX=1.0，都是默认值，为什么要专门列出来？你自己知道里面所 ...

INCAR文件最开始是组里老师给的，我在那个基础上按照我的需要改了一下，默认值那些我百度了一下，觉得没啥影响就没消掉，怕以后还要使用。
nohup.out文件里有这种问题，好像就时您说的内存相关的情况，请问应该如何解决呢？
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
WARNING: stress and forces are not correct
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...
WAVECAR not read
charge-density read from file:
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL

===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 0 PID 1837375 RUNNING AT c4111
= KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-5 20:49
本帖最后由 shinkon 于 2023-12-5 20:51 编辑

sciwizard 发表于 2023-12-5 20:34
INCAR文件最开始是组里老师给的，我在那个基础上按照我的需要改了一下，默认值那些我百度了一下，觉得没 ...

首先我建议你不要在INCAR里写太多你不需要用到的参数，如果要用则必须清楚地知道每个是干啥的。

如果是内存相关的问题，你在提交任务的脚本加上
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
再提高一下调用的节点数看看。

然后既然ISTART=1了，就把自洽计算的wavecar也拿过来呗。然后INIWAV是针对ISTART=0即没有自洽WAVECAR情况的，读入波函数的话就删了这一行。
chgcar应该搬过来了吧，看起来应该只是没在INCAR里定义系统名称，这倒问题不大。

还有个问题，你两个高对称点间撒点密度挺高的，系统有多少个原子？

实在不行就问问老师、超算管理员或者师兄师姐。

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-5 20:52

shinkon 发表于 2023-12-5 20:49
首先我建议你不要在INCAR里写太多你不需要用到的参数，如果要用则必须清楚地知道每个是干啥的。

如果 ...

好嘞好嘞，我尝试一下试试。组里刚开始做这个东西，也是请教的别的课题组的。麻烦您啦，多谢

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-5 20:56

sciwizard 发表于 2023-12-5 20:52
好嘞好嘞，我尝试一下试试。组里刚开始做这个东西，也是请教的别的课题组的。麻烦您啦，多谢

组里刚开始算这类体系还是刚开始做计算？如果是后者，emmm

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-5 21:04

shinkon 发表于 2023-12-5 20:56
组里刚开始算这类体系还是刚开始做计算？如果是后者，emmm

之前有合作单位做，然后想自己学一下试试。要不老麻烦人家

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-5 21:28

sciwizard 发表于 2023-12-5 21:04
之前有合作单位做，然后想自己学一下试试。要不老麻烦人家

我个人建议哈，如果你们组先前没有老师或者前辈做计算的，还是乖乖让合作单位的人去做吧，vasp入门不难，但是要精通还是挺花时间的，到时候有些结果审稿人问起来你答不上来还更麻烦。

作者
Author: sciwizard 时间: 2023-12-6 07:59

shinkon 发表于 2023-12-5 21:28
我个人建议哈，如果你们组先前没有老师或者前辈做计算的，还是乖乖让合作单位的人去做吧，vasp入门不难， ...

好嘞好嘞，还是谢谢你哈

作者
Author: 半夜去喂猪 时间: 2024-10-30 20:12
你好，请问掺杂后ISIF用几比较好呢？

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