计算化学公社

标题: 在ms中使用ac模块构建过程中键异常现象求教 [打印本页]

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CCFZDLX    时间: 2023-12-5 09:55
标题: 在ms中使用ac模块构建过程中键异常现象求教
因为想用ms先构建好模型,然后在lammps里转data,使用ms的ac模块构建层,但在运行结束后发现,出现了很多单独分子没有的键,因为这些键我觉得不应该出现,而且有的甚至配位数都不正确,所以求教,如图为其中部分异常,图中,紫色原子为四氧化三铁纳米颗粒的铁原子,但是与有机物中的C,H等原子生成了键,请问有哪个大佬知道这是我设置有问题导致的,还是其他什么原因,十分感谢
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乐平    时间: 2023-12-5 10:29
本帖最后由 乐平 于 2023-12-5 10:30 编辑

看起来的“化学键”其实只是软件“显示的连接方式”,并不是真的化学键。

你如果不想看到它,完全可以在键盘上按 delete 键把它删掉。

也可以在 MC 里先选择你要修改的两个原子,然后找到 Bond Options ——> Connectivity Options 进行调整,修改所谓的“成键范围”  From  XXX  to  YYY(其中 XXX 和 YYY 分别是最小值和最大值)。最后点击 Calculate 就能重新计算“键长”。如下图所示。

在最小值和最大值之间的范围都被 MS “显示成化学键”。
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CCFZDLX    时间: 2023-12-5 10:41
乐平 发表于 2023-12-5 10:29
看起来的“化学键”其实只是软件“显示的连接方式”,并不是真的化学键。

你如果不想看到它,完全可以在 ...

您好,十分感谢您的指导,因为在盒子中,”异常键“较多,请问这种“异常键”只能是手动选择,并一个一个修改吗,在没有修改之前我转了data,同时在data里有“异常键”的成键信息,所以影响严重,只能去除“异常键”,再次感谢您的指导
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Observer-Aya    时间: 2024-4-22 13:53
给个建议,用第一性原理几何优化一遍再用build bonds就能让整个模型的结构和键的配位正常,不过我很好奇,楼主你的分子动力学摩擦磨损做的怎么样了,我们组最近也想做这个分子动力学模拟,想大概了解一下。
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CCFZDLX    时间: 2024-7-11 16:37
Observer-Aya 发表于 2024-4-22 13:53
给个建议,用第一性原理几何优化一遍再用build bonds就能让整个模型的结构和键的配位正常,不过我很好奇, ...

抱歉刚看到您的回复,我是做纳米流体偏多一点,主要是想做一下摩擦系数同时结合一点实验,分子动力学摩擦磨损计算时间真的很长,建议尽早开始,当然这个和体系原子数也相关。想问一下您提到的第一性原理是指使用vasp吗,因为没有接触过这个方面,请问上手会不会难度较高




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