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标题: 求助：gromcas跑完做金属与蛋白的结合能分析该用哪个软件 [打印本页]

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Author: TL131242 时间: 2023-12-5 10:12
标题: 求助：gromcas跑完做金属与蛋白的结合能分析该用哪个软件
请问一下大家，gromcas跑完做金属与蛋白的结合能分析该用哪个软件。之前用的gmx_mmpbsa根据官网设置的金属与蛋白的计算参数，但是无论怎么改ΔG都是正值。
请问有其他可以计算金属与蛋白的结合能得软件吗，或者该怎么修改mmbpsa.in文件

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Author: sobereva 时间: 2023-12-5 15:09
需要量子化学程序计算，诸如Gaussian、ORCA

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Author: TL131242 时间: 2023-12-5 15:57

sobereva 发表于 2023-12-5 15:09
需要量子化学程序计算，诸如Gaussian、ORCA

好的谢谢sob老师

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Author: znjnancy 时间: 2024-2-3 09:30
我也是一样的困惑啊！金属和蛋白质跑完动力学，能说清用gaussian算的话，是取动力学平衡轨迹的某一帧作为复合物构象，然后分别算受体、配体、复合物的单点能吗？还需要结构优化吗

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