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标题: 跑完动力学的结果很奇怪，XTC文件特别大，并且得出的RMSD结果非常稳定 [打印本页]

作者
Author: xiaoyana 时间: 2023-12-5 15:23
标题: 跑完动力学的结果很奇怪，XTC文件特别大，并且得出的RMSD结果非常稳定
动力学模拟完成后，生成的XTC文件特别大，大概有二十多G，并且得出的RMSD结果非常稳定，不知道是什么原因

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-5 15:26
认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: xiaoyana 时间: 2023-12-5 16:04
本帖最后由 xiaoyana 于 2023-12-5 16:07 编辑

sobereva 发表于 2023-12-5 15:26
认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/ ...

动力学模拟完成后，生成的XTC文件特别大，就是普通的蛋白和配体对接后的复合物来跑的动力学，蛋白质的氨基酸残基大概六百多个，模拟过程中盒子大小设定的也是1.0，相同条件下之前生成的XTC文件一般是只有3G左右，然后现在跑出来大概有20G，就非常夸张，得出的RMSD结果也是非常稳定，不止一次出现这种情况，跑了两个蛋白复合物都是这样的，就得很奇怪，不知道是什么原因

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:07

xiaoyana 发表于 2023-12-5 16:04
动力学模拟完成后，生成的XTC文件特别大，就是普通的蛋白和配体对接后的复合物来跑的动力学，蛋白质的氨 ...

原子数多、帧数多，轨迹文件自然会大。不会无缘无故地大

解释清楚曲线颜色的含义

作者
Author: xiaoyana 时间: 2023-12-6 09:23
好的，谢谢sobereva老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)