计算化学公社

标题: 用Amber进行MMGBSA分析出现报错 [打印本页]

作者
Author: UrnotNancy 时间: 2023-12-5 15:49
标题: 用Amber进行MMGBSA分析出现报错
求助！
用Amber进行MMGBSA分析，出现以下报错，应该如何解决？

Loading and checking parameter files for compatibility...
sander found! Using /share/apps/amber19-with-patches/bin/sander
cpptraj found! Using /share/apps/amber19-with-patches/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
1000 frames were processed by cpptraj for use in calculation.

Running calculations on normal system...

Beginning GB calculations with /share/apps/amber19-with-patches/bin/sander
  calculating complex contribution...
  calculating receptor contribution...
  calculating ligand contribution...
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 02:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “MMGBSA ” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 02:12
编译或运行环境/运行方式有问题，或者输入文件有硬伤

作者
Author: Santz 时间: 2023-12-6 10:55
先找个其他的输入文件排除输入错误。

作者
Author: UrnotNancy 时间: 2023-12-6 13:23
本帖最后由 UrnotNancy 于 2023-12-6 13:24 编辑

sobereva 发表于 2023-12-6 02:12
编译或运行环境/运行方式有问题，或者输入文件有硬伤

输入文件【sub-per-mmpbsa.sh】，之前成功计算过其他轨迹，但这次复合物缺少1-106位氨基酸，MD的构象导出一帧查看，复合物是从1开始编号的，但生成prmtop文件时我已指定受体，不知道会不会是报错的原因。
##【sub-per-mmpbsa.sh】内容：
#!/bin/bash

#$ -S /bin/bash
#$ -V
#$ -l hostname=compute-0-3
#$ -cwd
#$ -N mm03

echo "Beginning time: ""`date`" >> time.job

# amber
#source /share/apps/amber19-with-patches/amber.sh

export CUDA_VISIBLE_DEVICES="1"

mpirun -np 4 MMPBSA.py.MPI -O -i /home/nancy/aabb/mmgbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do DECOMP_MMPBSA.csv -cp rec-lig.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y md-pas-a1s012.nowations.nc > progress.log

echo "End time : ""`date`" >> time.job
echo >> time.job

作者
Author: UrnotNancy 时间: 2023-12-6 13:30

sobereva 发表于 2023-12-6 02:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

抱歉！以后会注意的。

作者
Author: UrnotNancy 时间: 2023-12-6 13:31

Santz 发表于 2023-12-6 10:55
先找个其他的输入文件排除输入错误。

您好，请问您说的输入文件是指什么呢？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)