计算化学公社

标题: genion加入离子浓度的物理意义是什么？ [打印本页]

作者
Author: LY1 时间: 2023-12-5 17:24
标题: genion加入离子浓度的物理意义是什么？
gmx genion -s em.tpr -p mix.top -o mix2.gro -conc 3 -neutral -pname NA -nname F -rmin 0.4 在这个加离子命令里面 “-conc 3”的物理意义是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:16
加额外的离子，使得盐浓度为3M
如果你不知道为什么要加就不加

作者
Author: LY1 时间: 2023-12-6 08:52

sobereva 发表于 2023-12-6 07:16
加额外的离子，使得盐浓度为3M
如果你不知道为什么要加就不加

在我的体系中，加入阴阳离子为3M，最后确定体系中阴阳离子个数为58个，这个是怎么计算的呢？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2023-12-6 09:59

LY1 发表于 2023-12-6 08:52
在我的体系中，加入阴阳离子为3M，最后确定体系中阴阳离子个数为58个，这个是怎么计算的呢？

用离子摩尔数除以盒子体积

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