计算化学公社

标题: 求助：RMSD可以比较两个体系之间的稳定性吗？ [打印本页]

作者
Author: crush 时间: 2023-12-5 20:00
标题: 求助：RMSD可以比较两个体系之间的稳定性吗？
各位老师好，我有一个空蛋白A 和一个蛋白A+ligand的复合物。两个体系各跑100ns的动力学，然后以第一帧为参考结构分别计算除H之外的RMSD，空蛋白的RMSD均值大于复合物的RMSD均值，这能说明结合liang的蛋白复合物比空蛋白更稳定吗？

作者
Author: crush 时间: 2023-12-5 20:05
我目前的理解是两个体系的RMSD值波动大小只能反应模拟是否达到平衡，以及在模拟过程中蛋白构象变化的程度（相对于参考结构），并不能用于比较体系之间的稳定性。不知道这样理解对不对

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:25
如果差异显著，一定程度可以说明

作者
Author: crush 时间: 2023-12-6 09:09

sobereva 发表于 2023-12-6 07:25
如果差异显著，一定程度可以说明

好的，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)