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标题: gmx模拟中观察发现分子运动范围小问题请教 [打印本页]

作者
Author: a-Student 时间: 2023-12-5 20:48
标题: gmx模拟中观察发现分子运动范围小问题请教
老师打扰下，gmx模拟体系NPT，343k1bar下400ns，发现体系中所有分子基本不动，模拟过程中任意一个分子位置基本不动，如果把温度升高1000k就会运动剧烈，请问老师，除了升温有什么方法可以让分子在343k下模拟运动变得强烈些吗，因为如果不动的话，相当于模拟后的体系根本没怎么变和初始结构差不多，这样的话无论分析径向分布函数还是能量都不准确了。麻烦老师，谢谢

作者
Author: zdworld 时间: 2023-12-5 20:54
增强采样

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:20
描述清楚体系，把运动轨迹多帧叠加显示体现运动范围多大

也可能力场本身有问题，相变温度和实际相差较大

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