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标题: 求助sobtop生成的有机物的拓扑文件在gromacs能量最小化时无法收敛 [打印本页]

作者
Author: zhangzhuo10 时间: 2023-12-7 16:54
标题: 求助sobtop生成的有机物的拓扑文件在gromacs能量最小化时无法收敛
请教一下社长，按照教程用sobtop生成了一个有机物的gro，top，和itp文件，但是在gromacs能量最小化无法收敛，目测是有个双键上的氧原子离其它原子比较近。不知有何破解之术。几何优化用的是m062x/6-311g** em=gd3。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-7 17:41
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “sobtop生成拓扑文件在gromacs的应用” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-7 17:52
这么标准的有机分子，直接用GAFF力场就完了，根本没必要也不应当用sobtop基于Hessian计算参数

http://sobereva.com/soft/Sobtop里面写得清清楚楚，尤其是FAQ11

作者
Author: zhangzhuo10 时间: 2023-12-7 18:01
明白了，谢谢社长！

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