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标题: 关于peptiderbuilder生成短肽时两端结构问题 [打印本页]

作者
Author: bdx 时间: 2023-12-8 15:59
标题: 关于peptiderbuilder生成短肽时两端结构问题
我需要给peptidebuilder生成的短肽进行一个氢的加，虽然我知道有不少工具能做这个，但是因为要求用纯命令行的方式完成所以用了pdbfixer，但修补完的结构两端看起来不太对，C端是-COO，N端是-NH3，要怎么把两端修补成正常的氨基和羧基？

顺便我也试了论坛里大佬写的封端脚本，但我要用的软件不能识别非标准氨基酸残基，所以可能还是得老老实实修补

附件是建模并补氢的脚本，以及生成的结果

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作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2023-12-13 13:42
可以尝试用GROMACS加氢

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