计算化学公社

标题: 进行pull操作时如何定义拉伸的方向 [打印本页]

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-12-8 16:53
标题: 进行pull操作时如何定义拉伸的方向
如题，我的pull部分代码如附件所示，拉伸方式为恒力拉伸，体系为上下的石墨烯以及中间的甲烷部分，我固定了下方的石墨烯，让上方板子向下压，其中力的大小是经由单位转换器算出来的，体系温度为418K，施加在上表面的压强为30MPa，换算为力为1.779 kJ/(mol*nm)，由gmx density得出的密度图显示中间平衡部分的密度为0.5几左右，与该温压条件下的密度之间差距很大，想请问下我的pull代码部分有没有问题？因为我是三个部分（上表面、CH4、下表面）分别控温的，不知道会不会对体系的pull过程产生影响？另外就是想请问下使用constant force时拉伸的方向是如何确定的，我将pull-coord1-vec由0 0 1改为0 0 -1，最后的拉伸方向还是朝着两边扩张的。希望各位老师抽空指点一下

(, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 7)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)