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标题: 不同表面活性剂分子的静电势分析问题 [打印本页]

作者
Author: niuwenjin 时间: 2023-12-8 21:58
标题: 不同表面活性剂分子的静电势分析问题
本帖最后由 niuwenjin 于 2023-12-8 22:19 编辑

各位老师、前辈
分析不同表面活性剂的静电势，看它们的静电势极值和分布面积，我对几个不同的分子在MS里面利用forcite模块几何优化和退火处理后找到全局能量最低点对应的构型，在分别对它们在Gaussian进行能量计算，分析静电势极值，这样是否可以？
还是说一定要分别对不同的分子在Gaussian里面几何优化后在单点能计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-9 05:46
分子力场做结构优化过于粗糙，甚至一些知名的分子力场对于一些大范围pi共轭的有机体系优化的结果都定性不合理，最最起码用个像样的半经验层面的方法优化，如PM7、GFN1-xTB。

另外，分子力场以这种方式做构象搜索往往过于粗糙，且不说采样是否充分，给出的能量顺序都往往是错误的，构象能量差整体比像样的半经验方法都有显著差距，见Int J Quantum Chem., 118, e25512 (2018) DOI: 10.1002/qua.25512里的对比测试。而且还没考虑自由能的热校正量，影响往往不容忽视。

下文是合理的构象搜索方式
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

选取以上一种合适的方式做构象搜索后，再用Multiwfn计算表面静电势，才比较有意义。注意有时候柔性分子有多种分布比例都显著的构象（如都超过20%），此时用Multiwfn对这些构象应当都做表面静电势分析。

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