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标题: 关于VMD查看距离C4A原子4埃内的水的原子选区的问题 [打印本页]

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-8 22:26
标题: 关于VMD查看距离C4A原子4埃内的水的原子选区的问题
老师们好，想要在VMD中查看距离C4A原子4埃内的水，用于编写TCL脚本
脚本思路：先要查看什么时候水进入磷脂膜尾部，所以想建立一个选区包括尾部附近出现的水，但是几次在VMD中测试选区，发现都不是想要的结果
比如命令 name W and within 4 of name C4A,但是选到了很远的W（绿色），红色为C4A原子，如下图，盒子中其他空白区域均为PW（未显示 PW包括：W WP WM）
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但是我理想是选中黄色圈圈区域的PW，如图，此图黄色区域是肉眼观察的开始有水（未显示）进入的区域，请教大家，感谢大家解答！
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-9 05:41
记得选上了update selection every frame

并且
name C4A
within 4 of name C4A
name W and within 4 of name C4A
逐条尝试弄清楚是什么情况

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