计算化学公社

标题: 求助VENUS安装 [打印本页]

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-9 22:10
标题: 求助VENUS安装
本帖最后由 liurui 于 2023-12-11 13:22 编辑

各位老师，学生想要计算特殊的反应过程，漫游，查阅文献还有之前的审稿人有在上一篇文章中提建议让算post-ts，查阅这个需要用VENUS来进行计算，所以给开发者的学生发了邮件，非常开心给了安装包，但是学生发现这个软件竟然是Fortran编译的，学生不熟悉Fortran语言，我查阅linux执行.f文件，需要先输入gfortran venus96c1.f ；再输入./a.out；但是发现linux页面现在卡住了，不知道是不是报错了，请各位老师帮学生瞅瞅哪里出问题了，非常感谢！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-10 07:42
这是运行方式问题，先去看手册弄清楚怎么运行的，很可能程序需要以重定向方式把输入文件内容传递给程序，直接这么进入就会一直傻等着，跟Gaussian的情况类似

注：看17#我的回复了解到底有没有必要使用这个极小众程序

作者
Author: 18392667184 时间: 2023-12-11 09:53
兄弟你安装好了能不能顺手写个安装教程我也想装一下不会装

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 10:00

18392667184 发表于 2023-12-11 09:53
兄弟你安装好了能不能顺手写个安装教程我也想装一下不会装

兄弟，呜呜呜，俺也不会，正在挣扎，说明书完全看不懂

太难了，要是整出来，俺肯定写，哎

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 10:01

sobereva 发表于 2023-12-10 07:42
这是运行方式问题，先去看手册弄清楚怎么运行的，很可能程序需要以重定向方式把输入文件内容传递给程序，直 ...

谢谢老师，俺再仔细读一下说明书，非常感谢！

作者
Author: Santz 时间: 2023-12-11 10:17

liurui 发表于 2023-12-11 10:01
谢谢老师，俺再仔细读一下说明书，非常感谢！

或许你可以把软件包传上来让大家可以帮忙试试。

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 10:29

Santz 发表于 2023-12-11 10:17
或许你可以把软件包传上来让大家可以帮忙试试。

老师，在这里下载的，不太好直接搬运其他老师的文件

，谢谢老师，非常感谢！
http://bbs.keinsci.com/thread-26383-1-1.html

作者
Author: yflchx 时间: 2023-12-11 10:29
如果想快速解决问题，直接用Gaussian里面的BOMD也可以实现，VENUS可以慢慢学。

印象中论坛里有人发过Singleton组里的一个程序，也可以尝试用。

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 10:30

Santz 发表于 2023-12-11 10:17
或许你可以把软件包传上来让大家可以帮忙试试。

VENUS老师的学生给的和这位老师中给的一样的，谢谢老师非常感谢！

作者
Author: 18392667184 时间: 2023-12-11 10:42

Santz 发表于 2023-12-11 10:17
或许你可以把软件包传上来让大家可以帮忙试试。

我这有包 (, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: Santz 时间: 2023-12-11 12:05

liurui 发表于 2023-12-11 10:29
老师，在这里下载的，不太好直接搬运其他老师的文件，谢谢老师，非常感谢！
http://bbs.keinsci.com/ ...

你不愿意上传那就没法了，事实上这个网址的安装包与你的截图中显示的并非一致。

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 13:23

Santz 发表于 2023-12-11 12:05
你不愿意上传那就没法了，事实上这个网址的安装包与你的截图中显示的并非一致。

老师，刚刚看到，上传了，请您过目，谢谢老师，非常感谢！

作者
Author: Santz 时间: 2023-12-11 15:03
本帖最后由 Santz 于 2023-12-12 20:00 编辑

这个编译方式让人实在难受，手边暂时没有合适的机器，只能在云服务器上简测了下。此软件竟然还在用F77。
系统环境：CentOS Linux release 7.9.2009 + GNU-4.8.5，gfortran版本为GNU Fortran (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)
测试文件：h2o.dt5 al3.dt5，来源于这里的安装包的datafiles

以下方式仅供参考，软件作者应该有完美方法。
方式一：gfortran编译器编译，这里采用的是自带的GNU Fortran (GCC) 4.8.5

gfortran --version
tar -xvf venus96c1.tar
vim Makefile
#修改Makefile第六行FC = g77为FC = gfortran -std=legacy
make
#测试
./venus96C.e < h2o.dt5 > h2o.out
./venus96C.e < al3.dt5 > al3.out

复制代码

方式二：Intel Fortran编译器，不用它的Makefile，这里使用的是ifort-19.0.5

source ~/scripts/intel-19.0.5.sh
ifort --version
tar -xvf venus96c1.tar
ifort -o venusexec venus96c1.f
#测试
./venusexec < h2o.dt5 > h2o.out
./venusexec < al3.dt5 > al3.out

复制代码

可能存在的bug：会产生一堆fort.文件

作者
Author: Santz 时间: 2023-12-11 15:04

Santz 发表于 2023-12-11 15:03
这个编译方式让人实在难受，手边暂时没有合适的机器，只能在云服务器上简测了下。此软件竟然还在用F77&#128 ...

@liurui @18392667184

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 15:17

Santz 发表于 2023-12-11 15:04
@liurui @18392667184

哇哦，谢谢老师，俺马上去试试呜呜呜，谢谢老师，非常感谢！！！！

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-11 15:46

Santz 发表于 2023-12-11 15:04
@liurui @18392667184

老师，两种方法都按照您的方法安装成功了，呜呜呜呜，谢谢老师，非常感谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-12 08:10
应当想清楚有什么必要非得用VENUS，不要盲目follow文献，很多情况都有明显更好的选择。

跑常规的AIMD直接用ORCA就完了，最佳选择
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

如果需要做准经典动力学，Gaussian的BOMD也直接有现成的功能，都省得你把VENUS和其它程序联用以及通过极其有限的资料去摸索这个作者（Hase）都已经去世了的很小众向程序

(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-12 13:47

sobereva 发表于 2023-12-12 08:10
应当想清楚有什么必要非得用VENUS，不要盲目follow文献，很多情况都有明显更好的选择。

跑常规的AIMD直 ...

收到，老师，学生想跑漫游反应动力学，能垒相较于正常的反应过程要宽许多，能垒也要高许多，之前的审稿人建议跑post-transition state，这种情况可以用BOMD或者ORCA的元反应动力学啥的吗？昨天看了venus说明书，不知道对应那种情况的动力学，实验上光激发有的漫游反应，可以对应于一般的动力学吗？还是要给和能垒高度一致的输入能量呢？谢谢老师，非常感谢！！！

作者
Author: 18392667184 时间: 2023-12-12 15:54

Santz 发表于 2023-12-11 15:03
这个编译方式让人实在难受，手边暂时没有合适的机器，只能在云服务器上简测了下。此软件竟然还在用F77。
...

老师你好我采用方式二的Intel Fortran编译时，编译过程和测试如下，显示没有该执行文件，应该怎么解决？
(, 下载次数 Times of downloads: 34)

附带两个小问题，1.采用你链接中的安装包，我解压缩后没有c1，而是直接的venus96.f
2.由于不了解fortran，我这里编译完后出现的是venusexec 并没有venusrunexec，我加与不加run,测试时都没有这个文件。

作者
Author: 18392667184 时间: 2023-12-12 16:01

sobereva 发表于 2023-12-12 08:10
应当想清楚有什么必要非得用VENUS，不要盲目follow文献，很多情况都有明显更好的选择。

跑常规的AIMD直 ...

老师您说的gaussian来跑BOMD，能否实现一两万K下的模拟，并且我能否得到如平动和振动等温度是多少，并且统计其反应速率容易实现吗

作者
Author: wdcqx 时间: 2023-12-12 17:19
我之前长期从事准经典轨线的研究，据我所知，在没有势能面的基础上，想要计算漫游反应所需要的计算资源是极大的。一方面漫游的轨线只会占总轨线的极少部分，这就造成了需要大量轨线的计算，另一方面这种情况往往碰撞能较低，因此每条轨线所模拟的时间大大增加。建议楼主老师充分调研漫游反应的问题（傅碧娜课题组研究计算该类问题较多），再结合自己的研究内容确定是否需要大规模计算。如要开展计算，正如卢天老师所建议的，用Gaussian的BOMD即可。

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-12 17:34
本帖最后由 liurui 于 2023-12-12 17:45 编辑

18392667184 发表于 2023-12-12 15:54
老师你好我采用方式二的Intel Fortran编译时，编译过程和测试如下，显示没有该执行文件，应该怎么解决 ...

建议用Santz老师的第一种方法，我安装第二种方式虽然成功了，但是输出文件有点乱，而且俺没有写venus环境变量，不需要哇

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-12 17:58

wdcqx 发表于 2023-12-12 17:19
我之前长期从事准经典轨线的研究，据我所知，在没有势能面的基础上，想要计算漫游反应所需要的计算资源是极 ...

老师，我还有一个疑问，傅老师组还有其他大多老师模拟的是碰撞方式实现的漫游反应，那么对于光解离发现的漫游反应如何计算呢？BOMD可以吗还是其他QCT软件啥的，动力学新手，谢谢老师，非常感谢！

作者
Author: Santz 时间: 2023-12-12 20:04

18392667184 发表于 2023-12-12 15:54
老师你好我采用方式二的Intel Fortran编译时，编译过程和测试如下，显示没有该执行文件，应该怎么解决 ...

1. 你应该用本贴楼主附件的安装包，里面会有venus96c1.f；
2. 有无venusexec取决于你编译时 -o 后的名称，不管是ifort还是gfortran都是如此；
3. Ubuntu系统未测试，如果Intel编译器不行，就用GNU。

作者
Author: wdcqx 时间: 2023-12-13 09:16

liurui 发表于 2023-12-12 17:58
老师，我还有一个疑问，傅老师组还有其他大多老师模拟的是碰撞方式实现的漫游反应，那么对于光解离发现的 ...

可以用QCT跑光解反应，但是不太准确，有类似的文献。初始状态需要根据跃迁规则进行采样（要特别注意体系的总角动量，对roaming很重要），之后在激发态势能面上跑轨线，如果碰到交叉点可以采用surface hopping类的方法计算（允许交叉和避免交叉不同）。

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-16 08:48

wdcqx 发表于 2023-12-13 09:16
可以用QCT跑光解反应，但是不太准确，有类似的文献。初始状态需要根据跃迁规则进行采样（要特别注意体系 ...

收到，谢谢老师，我去研究研究，非常感谢！

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-18 22:15

wdcqx 发表于 2023-12-12 17:19
我之前长期从事准经典轨线的研究，据我所知，在没有势能面的基础上，想要计算漫游反应所需要的计算资源是极 ...

老师，您好！我最近拜读了傅老师的文章，发现傅老师在早期2011年在JACS发表了一篇名为“Three-State Trajectory Surface Hopping Studies of the Photodissociation Dynamics of Formaldehyde on ab Initio Potential Energy Surfaces”的文章，研究的单分子解离用的surface hopping方法，之后貌似普遍用Velocity-Verlet integration algorithm来计算，想请问老师这两种方法，哪种适合算单分子漫游动力学呐；还有一个问题就是老师后一种方法是用啥软件做的哇，是BOMD吗，还是啥哇，谢谢老师，非常感谢老师！

作者
Author: wdcqx 时间: 2023-12-20 09:16

liurui 发表于 2023-12-18 22:15
老师，您好！我最近拜读了傅老师的文章，发现傅老师在早期2011年在JACS发表了一篇名为“Three-State Traj ...

Surface Hopping是非绝热动力学方法，Velocity-Verlet是坐标动量更新的方法，不存在哪种适合算roaming。BOMD是方法，不是软件。

作者
Author: liurui 时间: 2023-12-20 11:58

wdcqx 发表于 2023-12-20 09:16
Surface Hopping是非绝热动力学方法，Velocity-Verlet是坐标动量更新的方法，不存在哪种适合算roaming。B ...

收到，谢谢老师，非常感谢！

作者
Author: archer 时间: 2024-1-16 22:01
国内有几个组常用venus，可以联系他们

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