计算化学公社

标题: 请问可否计算溶质分子周围一定距离内的溶剂分子之间的相互作用？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2023-12-10 13:29
标题: 请问可否计算溶质分子周围一定距离内的溶剂分子之间的相互作用？
如题，我想考察溶质分子周围一定距离内的溶剂-溶剂相互作用，但是每一帧的溶质分子周围的溶剂分子可能不一样。要是用VMD提取的话只能提取某一帧溶质周围的溶剂分子，但是其他帧这些溶剂分子可能不在溶质分子周围了。请问有方法考察所有帧的溶质分子周围一定距离内的溶剂-溶剂相互作用吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-10 19:31
“相互作用” 指代不明，说具体以什么形式考察什么

作者
Author: UTM 时间: 2023-12-10 19:38

sobereva 发表于 2023-12-10 19:31
“相互作用” 指代不明，说具体以什么形式考察什么

抱歉我描述的不准确，我想考察的是范德华相互作用，用LJ-SR来衡量。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-11 07:26

UTM 发表于 2023-12-10 19:38
抱歉我描述的不准确，我想考察的是范德华相互作用，用LJ-SR来衡量。

得自己写脚本。诸如VMD的自带了算相互作用能的命令可以在脚本中利用，每一帧都需要对atomselect做update更新选区

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作者
Author: UTM 时间: 2023-12-11 10:58

sobereva 发表于 2023-12-11 07:26
得自己写脚本。诸如VMD的自带了算相互作用能的命令可以在脚本中利用，每一帧都需要对atomselect做update ...

好的，谢谢社长。

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