计算化学公社
标题: 求助：关于QM/MM: MM ELECTROSTATIC POTENTIAL的理解 [打印本页]
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-14 10:57
标题: 求助：关于QM/MM: MM ELECTROSTATIC POTENTIAL的理解
您好，我在理解&INP\FORCE_EVAL\QMMM\PRINT\POTENTIAL的势能文件时遇到了困难了一下问题。在模拟中，QM部分包括一个有53个原子的分子，而MM包括两个Cl-离子和1010个水分子。
QMMM 部分的inp是：
&QMMM USE_GEEP_LIB 7 E_COUPL GAUSS &CELL ABC 10 10 10 ALPHA_BETA_GAMMA 90 90 90 &END CELL &QM_KIND Ru MM_INDEX 1 &END QM_KIND &QM_KIND C MM_INDEX 6 9 12 15 18 21 24 25 27 29 30 32 34 38 40 44 &END QM_KIND &QM_KIND O MM_INDEX 48 51 &END QM_KIND &QM_KIND H MM_INDEX 7 8 10 11 13 14 16 17 19 20 22 23 26 28 31 33 35 36 37 39 41 42 43 45 46 47 49 50 52 53 &END QM_KIND &QM_KIND N MM_INDEX 3 4 5 &END QM_KIND &QM_KIND P MM_INDEX 2 &END QM_KIND &PRINT &POTENTIAL FILENAME POTENTIAL.txt &EACH MD 1 &END EACH &END POTENTIAL &END PRINT &END QMMM
由于势能文件太大，无法完整上传。因此，以下是结果的一部分摘要：
[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]-Quickstep-
QM/MM: MM ELECTROSTATIC POTENTIAL
53 0.000000 0.000000 0.000000
256 0.295270 0.000000 0.000000
256 0.000000 0.295270 0.000000
256 0.000000 0.000000 0.295270
44 0.000000 37.599934 35.746505 40.653577
6 0.000000 36.971990 34.585665 33.861619
6 0.000000 41.499505 36.845044 34.765239
6 0.000000 36.947375 39.678401 35.075814
6 0.000000 40.069158 35.527173 30.543098
6 0.000000 40.344999 40.131660 31.673551
6 0.000000 36.264758 38.107267 30.767456
6 0.000000 39.820945 34.184126 43.710315
6 0.000000 41.253556 35.914466 42.320159
6 0.000000 40.606950 38.462765 42.339338
6 0.000000 38.181430 39.299040 43.297525
6 0.000000 36.584598 37.489806 44.448309
6 0.000000 37.347622 34.968143 44.655165
6 0.000000 40.586578 31.461965 44.204636
6 0.000000 37.470224 42.109717 43.557876
6 0.000000 37.106658 43.249332 40.860206
6 0.000000 39.211750 43.665749 45.256819
8 0.000000 37.509093 32.040917 39.059433
8 0.000000 33.737230 35.416427 39.397535
1 0.000000 37.652977 32.627685 34.027565
1 0.000000 34.958180 34.458945 34.431794
1 0.000000 42.711516 38.091411 35.909144
1 0.000000 42.515645 35.044938 34.924767
1 0.000000 34.991626 39.936345 35.506933
1 0.000000 37.687185 41.544541 35.981929
1 0.000000 40.399850 35.952777 28.493073
1 0.000000 40.975328 33.770936 30.737080
1 0.000000 41.313905 41.581869 32.798639
1 0.000000 40.590595 40.547274 29.731278
1 0.000000 36.609216 38.728410 28.927301
1 0.000000 34.171890 38.202031 31.053059
1 0.000000 43.072090 35.256453 41.489806
1 0.000000 41.974381 39.890121 41.470952
1 0.000000 34.876838 37.763924 45.340016
1 0.000000 36.096624 33.609784 45.767216
1 0.000000 39.349474 30.371572 45.521822
1 0.000000 42.470749 31.406039 44.942322
1 0.000000 40.639400 30.091358 42.629053
1 0.000000 35.724558 42.124810 44.462424
1 0.000000 35.713366 42.231743 39.714451
1 0.000000 38.883774 43.386392 39.842290
1 0.000000 36.259737 45.119583 41.113244
1 0.000000 41.001143 44.092063 44.645723
1 0.000000 39.479714 42.638835 47.095973
1 0.000000 38.188889 45.497688 45.655957
1 0.000000 38.949461 31.359187 38.012646
1 0.000000 37.211361 30.550469 40.083664
1 0.000000 32.638884 36.819056 38.708424
1 0.000000 32.516955 34.400497 40.521607
7 0.000000 37.270006 35.497698 31.215492
7 0.000000 41.388589 37.573283 32.036123
7 0.000000 37.519307 40.017561 32.318949
15 0.000000 38.285078 36.735176 36.406281
0.33841E-01 0.34055E-01 0.34293E-01 0.34576E-01 0.34925E-01 0.35357E-01
0.35892E-01 0.36547E-01 0.37341E-01 0.38278E-01 0.39324E-01 0.40430E-01
0.41552E-01 0.42641E-01 0.43650E-01 0.44530E-01 0.45231E-01 0.45720E-01
0.46015E-01 0.46147E-01 0.46149E-01 0.46052E-01 0.45889E-01 0.45690E-01
0.45488E-01 0.45307E-01 0.45150E-01 0.45012E-01 0.44887E-01 0.44771E-01
0.44659E-01 0.44547E-01 0.44430E-01 0.44307E-01 0.44195E-01 0.44116E-01
0.44088E-01 0.44134E-01 0.44275E-01 0.44530E-01 0.44921E-01 0.45457E-01
0.46096E-01 0.46784E-01 0.47468E-01 0.48094E-01 0.48609E-01 0.48958E-01
0.49088E-01 0.48962E-01 0.48611E-01 0.48081E-01 0.47420E-01 0.46676E-01
0.45896E-01 0.45126E-01 0.44415E-01 0.43799E-01 0.43271E-01 0.42814E-01
0.42410E-01 0.42042E-01 0.41693E-01 0.41346E-01 0.40982E-01 0.40589E-01
0.40168E-01 0.39725E-01 0.39267E-01 0.38800E-01 0.38328E-01 0.37859E-01
0.37398E-01 0.36950E-01 0.36515E-01 0.36093E-01 0.35684E-01 0.35286E-01
0.34900E-01 0.34524E-01 0.34158E-01 0.33801E-01 0.33455E-01 0.33119E-01
0.32794E-01 0.32482E-01 0.32182E-01 0.31895E-01 0.31623E-01 0.31365E-01
0.31122E-01 0.30894E-01 0.30680E-01 0.30482E-01 0.30298E-01 0.30128E-01
0.29974E-01 0.29834E-01 0.29709E-01 0.29598E-01 0.29502E-01 0.29419E-01
0.29351E-01 0.29296E-01 0.29255E-01 0.29227E-01 0.29211E-01 0.29208E-01
0.29215E-01 0.29233E-01 0.29261E-01 0.29299E-01 0.29344E-01 0.29397E-01
0.29457E-01 0.29522E-01 0.29591E-01 0.29663E-01 0.29736E-01 0.29810E-01
0.29884E-01 0.29955E-01 0.30023E-01 0.30086E-01 0.30142E-01 0.30190E-01
0.30229E-01 0.30257E-01 0.30272E-01 0.30272E-01 0.30258E-01 0.30226E-01
0.30177E-01 0.30107E-01 0.30017E-01 0.29905E-01 0.29768E-01 0.29607E-01
0.29421E-01 0.29208E-01 0.28968E-01 0.28702E-01 0.28407E-01 0.28085E-01
0.27733E-01 0.27352E-01 0.26942E-01 0.26505E-01 0.26041E-01 0.25552E-01
0.25038E-01 0.24500E-01 0.23939E-01 0.23357E-01 0.22756E-01 0.22139E-01
0.21511E-01 0.20874E-01 0.20231E-01 0.19587E-01 0.18944E-01 0.18307E-01
0.17680E-01 0.17068E-01 0.16477E-01 0.15912E-01 0.15378E-01 0.14881E-01
0.14427E-01 0.14020E-01 0.13663E-01 0.13361E-01 0.13117E-01 0.12933E-01
0.12813E-01 0.12760E-01 0.12777E-01 0.12865E-01 0.13022E-01 0.13245E-01
0.13531E-01 0.13876E-01 0.14277E-01 0.14730E-01 0.15231E-01 0.15777E-01
0.16363E-01 0.16984E-01 0.17637E-01 0.18317E-01 0.19020E-01 0.19741E-01
0.20477E-01 0.21222E-01 0.21970E-01 0.22712E-01 0.23441E-01 0.24149E-01
0.24827E-01 0.25469E-01 0.26067E-01 0.26617E-01 0.27136E-01 0.27645E-01
0.28163E-01 0.28711E-01 0.29311E-01 0.29982E-01 0.30744E-01 0.31612E-01
0.32563E-01 0.33568E-01 0.34598E-01 0.35623E-01 0.36615E-01 0.37543E-01
0.38378E-01 0.39097E-01 0.39703E-01 0.40208E-01 0.40620E-01 0.40951E-01
0.41211E-01 0.41408E-01 0.41555E-01 0.41663E-01 0.41758E-01 0.41865E-01
0.42013E-01 0.42229E-01 0.42541E-01 0.42975E-01 0.43559E-01 0.44304E-01
0.45148E-01 0.46015E-01 0.46826E-01 0.47504E-01 0.47971E-01 0.48147E-01
0.47956E-01 0.47351E-01 0.46414E-01 0.45259E-01 0.44000E-01 0.42750E-01
0.41618E-01 0.40713E-01 0.40143E-01 0.39990E-01 0.40233E-01 0.40823E-01
0.41706E-01 0.42830E-01 0.44142E-01 0.45583E-01
.........######请问 " 44 0.000000 37.599934 35.746505 40.653577" 后面的“ 0.000000 37.599934 35.746505 40.653577”分别代表什么呢？我查了一下xyz坐标，Ru（44）的坐标不是 37.599934 35.746505 40.653577。“0.33841E-01 0.34055E-01 0.34293E-01 0.34576E-01 0.34925E-01 0.35357E-01”代表什么意思呢？整个势能文件对于一个的MD 位置有131073组 “0.33841E-01 。。。。0.45583E-01” 格式的数据。请问怎么算出水分子原子在QM/MM计算过程中受到来自QM部分的Electrostatic Potential呢？
作者Author: sobereva 时间: 2023-12-14 13:25
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-14 15:43
@sobereva 非常感谢sob老师您的回复！
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-15 18:13
@sobereva sob老师您好，可以请问您一个问题吗？我想计算水分子原子在QM/MM计算过程中受到来自QM部分的Electrostatic Potential，但是用&INP\FORCE_EVAL\QMMM\PRINT\POTENTIAL得出的cube文件是关于qm部分的那53个原子。请问您有什么好的建议吗？
作者Author: sobereva 时间: 2023-12-15 22:07
没看懂你的意思
你是嫌cube文件里坐标部分记录的不是你的水分子？
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-16 03:29
本帖最后由 zlinbm 于 2023-12-16 18:23 编辑
@sobereva sob老师您好，是的，请问我在QMMM/Print/Potential这个部分可以记录水分子的坐标吗？
还有一个问题想向您请教，在我上面展示的cube文件中。原子核的有效电荷数都是0，请问这是为什么呢？
作者Author: sobereva 时间: 2023-12-16 23:39
不能。本来静电势就是QM部分产生的，自然只记录QM部分的原子坐标。如果要记录MM水的，自己修改cub文件添加进去
CP2K产生cube文件的bug（在我来看是bug）
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-17 13:53
非常感谢sob老师您的指导！
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-18 09:24
本帖最后由 zlinbm 于 2023-12-18 17:48 编辑
@sobereva sob老师您好,还想问您个问题。我用vmd直接打开了运行QMMM后得到的potential cube文件，显示的等值面是如下图示的。请问这个cube文件记录的是水分子的静电势吗？然后我对cube文件的进行了修改，把QM 部分的原子删去了，只留下了MM的水和Cl离子，然后用multiwfn做定量分子表面分析，但是出现了错误。想像您咨询下，我应该怎么修正呢？
作者Author: sobereva 时间: 2023-12-19 12:44
从等值面的分布上看似乎是
我自己没检验过CP2K的QM/MM数据出的potential的cube文件是什么情况，实在搞不清楚可以问问开发者
Multiwfn的定量分子表面分析功能不是用于这种情况的。通常需要以有波函数信息的文件作为输入文件
作者Author: zlinbm 时间: 2023-12-19 17:38
非常感谢sob老师您提供的帮助！
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