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标题: linux提交高斯计算任务如何改变任务顺序 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-10-5 21:35
标题: linux提交高斯计算任务如何改变任务顺序
linux下用pbs提交任务脚本，脚本如下图1所示：提交了10个任务，自动根据提交的顺序进行计算。如果想把后面的任务的优先级提前（比如任务从2201——2210,想把2210的优先级提前），不知道pbs是否可以实现？
需要对pbs重新改写么？
谢谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-10-5 21:44
本帖最后由冰释之川于 2016-10-5 21:47 编辑

##PBS队列命令：
查看所有节点：qnodes
查看任务状态：qstat -n 查看队列： qstat -q
删除任务：qdel + ｛任务id号｝
提交任务：qsub + ｛任务名称.pbs｝
**设定内存提交：qsub -l mem=8000mb ｛任务名称.pbs｝
**提交到指定节点：qsub -l nodes=｛nodesname｝:ppn=4
**优先级：
qsub -p +{优先级范围:[-1024,1023]} ｛任务名称.pbs｝
【注：提升优先级需要管理员权限】
qalter [job id] -p -{降低优先级范围} [job id]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-10-5 22:35

冰释之川发表于 2016-10-5 21:44
##PBS队列命令：
查看所有节点：qnodes
查看任务状态：qstat -n 查看队列： qstat -q

谢谢!
想问问优先级的写法
如果305.pbs本来ID是2205（任务一共是2200-2210），现在我想把305.pbs顺序提到2203（第三）
写法如下：
qsub -p {[03]} {305.pbs}

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-10-5 23:01

yezhonghua 发表于 2016-10-5 22:35
谢谢!
想问问优先级的写法
如果305.pbs本来ID是2205（任务一共是2200-2210），现在我想把305.pbs顺序提 ...

qsub -p 03 305.pbs
这样好像不行，只是在后面增加了一个ID，还是按照顺序下排列。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-6 01:43
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-10-6 02:00 编辑

yezhonghua 发表于 2016-10-5 22:35
谢谢!
想问问优先级的写法
如果305.pbs本来ID是2205（任务一共是2200-2210），现在我想把305.pbs顺序提 ...

不能直接改变顺序，只能改变优先级。比如任务1~10的默认优先级为0，要将任务5移动到3之前，则应当将任务1和2的优先级设为1000（随便举例的数字，大小关系对即可），任务5的优先级设为500，其他任务保持为0。

命令为

qalter -p 1000 1
qalter -p 1000 2
qalter -p 500 5

复制代码

另外提高优先级可能需要队列管理员权限，如果所有任务都是你自己的，用用户账户可以降低优先级，此处对应将任务5的优先级降低为-500，任务3,4,6,7,8,9,10的优先级降低为-1000。

另外注意有的队列中运行顺序并不完全按照优先级进行。如在一个6线程的队列里，提交了4个任务，按照优先级分别是（3,3,6,3）线程，前两个4线程任务往往不同时完成，则在其中一个完成后，队列空余4线程，按照某些队列的设置，会不考虑优先级问题，而是不能让CPU空着，直接开始运行第四个任务，导致第三个任务直到所有3线程任务完成后才开始跑。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-10-7 17:18

liyuanhe211 发表于 2016-10-6 01:43
不能直接改变顺序，只能改变优先级。比如任务1~10的默认优先级为0，要将任务5移动到3之前，则应当将任务1 ...

谢谢大神！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-10-7 17:25

yezhonghua 发表于 2016-10-7 17:18
谢谢大神！

我的作业时一个任务提交给1个结点（每个结点24核），一共3个结点，任务是随机分配的，就是一个任务计算结束了，下面的任务就会在前一个结点进行计算。
我想按照您的建议，我可以讲任务的优先级别进行更改，将我的任务的优先级提前，那么只要空出一个结点，就会计算优先级较高的任务？
不知道我的理解是否正确？

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-10-10 23:24

liyuanhe211 发表于 2016-10-6 01:43
不能直接改变顺序，只能改变优先级。比如任务1~10的默认优先级为0，要将任务5移动到3之前，则应当将任务1 ...

您好，谢谢！已经解决了，就是通过pbs里面的一个命令，qorder 123 124 这样就可将ID124插入到ID123之前。然后qstat -t 查看就可以了。

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